一、職能轉變
　　按照建立社會主義市場經濟體制的要求，要繼續深化交通運輸體制改革，加快交通運輸發展步伐。為此，交通部要進一步推進從直接管理到間接管理、從部門管理到行業管理的職能轉變。
　　（一）政企職責分開。把按規定屬于企業的自主權放給企業，不再干預企業的生產經營活動。運輸企業可根據市場需求，在批準的規模內自行決定運力增減和班期調整。對部屬企業下放部分計劃、財務、設備、價格和人事勞資等管理職權。
　　（二）簡政放權。減少直屬水運計劃的比重，取消非重點物資運輸計劃，進一步放開運輸價格；下放部分運輸線路、運力額度、邊境口岸運輸的審批權；下放部屬事業單位自有資金建設項目審批權；下放和簡化出國人員及進出口設備的審批權限和手續。
　　（三）加強宏觀調控和行業管理職能。主要是：公路、水路交通建設布局和比例關系，資金投入總量和投向的宏觀調控以及調控機制的建立與完善，交通法制建設，全國公路、水路運輸市場的培育，部屬單位國有資產的監督管理，運政、路政、港政和水上交通安全監督管理，運價、規費管理，信息引導，交通行業精神文明建設。

　二、主要職責
　　交通部是國務院主管全國公路和水路交通行業的職能部門。主要職責是：
　　（一）根據國民經濟和社會發展需要，制訂全國公路和水路交通行業發展戰略、方針、政策和法規，并監督執行。
　　（二）根據國家的總體布局，組織編制全國公路和水路交通行業發展規劃，制訂固定資產投資、運輸生產、工業、科技、教育中長期計劃和年度計劃，并監督實施。
　　（三）負責公路、水路交通的行業管理和運輸組織管理，對關系國計民生的重點物資運輸、緊急物資運輸進行必要的調控，組織重點交通工程建設的實施。
　　（四）會同有關部門培育和管理交通運輸市場和交通基礎建設市場，建立完善信息、服務體系，引導交通運輸業優化結構、協調發展。
　　（五）負責全國公路及其設施的建設、養護、管理和規費稽征，負責汽車維修市場、汽車駕駛學校和駕駛員培訓工作的行業管理，指導城鄉客、貨運輸的銜接協調工作。
　　（六）負責全國港航設施的建設、養護、管理和規費稽征，負責水上港航監督、船舶及海上設施檢驗、通信導航、救助打撈、船舶代理、外輪理貨、港口、航道和港航設施建設使用岸線的行業管理。
　　（七）指導交通行業的體制改革和企業管理工作，負責部屬單位國有資產的管理和保值增值的監督。
　　（八）指導交通行業的精神文明建設和職工隊伍建設，組織、指導交通行業人才預測、教育、培訓、交流和勞動工資工作，管理部屬單位的主要領導干部，管理和指導交通系統的公安工作。
　　（九）負責多邊和雙邊政府間有關交通方面的涉外工作，負責利用外資、開展國際交通合作與交流工作，歸口管理公路、水路方面與國際組織有關的事宜，維護我國公路和水路運輸權益。
　　（十）制訂交通科技政策、技術標準和規范，組織重大科技開發，推動行業科技進步。負責歸口的交通工業產品認證和質量監督。
　　（十一）協同或會同有關部門制定投資、價格、稅收、信貸、勞動工資、外匯和其他有關交通行業的經濟政策。
　　（十二）承辦國務院交辦的其他事項。

　三、內設機構
　　根據上述職責，交通部設１３個職能司局和機關黨委。
　　（一）辦公廳
　　組織協調部機關工作，負責值班、文秘、政務信息、機要、保密、信訪、檔案工作，組織交通行業政策研究工作和起草部的重點報告、綜合性文件，負責有關重要會議的組織工作，負責對臺工作，負責機關財務、房產等后勤行政管理工作。
　　（二）體改法規司（精神文明建設辦公室）
　　指導交通行業法制工作，負責行業立法的協調事宜，管理交通行政復議工作；指導交通行業體制改革和企業管理，管理部屬企業（公司）的審核、審批及節能工作；負責交通行業作風建設、宣傳報道和指導交通系統的思想政治工作。
　　（三）綜合計劃司
　　負責交通行業發展戰略研究和規劃、計劃、統計、信息工作，組織制訂和綜合平衡公路、水路交通行業發展規劃、中長期計劃和年度計劃，研究制訂交通產業政策、投資籌資政策，負責大中型、部限額以上固定資產投資項目的立項審查和港航設施建設的岸線布局規劃及使用審查，負責交通重點建設工程后評估工作，管理外資引進和設備進口工作，組織管理交通行業統計預測和信息引導工作，負責交通戰備、交通扶貧綜合管理工作。
　　（四）財務會計司
　　組織制訂交通行業有關的財務會計規章、制度，負責部屬單位國有資產管理和保值增值的監督，管理非運輸價格，管理專項資金、預決算、外匯、信貸、稅收及利用外資有關的財務工作。
　　（五）人事勞動司
　　負責部機關人事和部屬企事業單位領導班子的管理工作，歸口管理專業技術干部、人才交流、干部培訓和智力引進工作，負責機構編制的管理工作，管理部屬單位勞動工資、勞保和醫療衛生工作，制訂交通行業勞動、工資、勞保政策和標準，培育交通勞務市場。
　　（六）公路管理司
　　歸口管理公路運輸、基礎設施建設和維護、管理工作，組織制訂公路行業的政策、規章、標準、規范和定額，參與制訂公路行業規劃、中長期計劃和年度計劃，培育管理公路運輸和建設市場，負責大中型和部限額以上公路建設項目設計文件審查并監督協調項目實施，協調和審批國際、跨省線路，擬定、實施國際運輸合作協議和運輸協定，指導城鄉客、貨運輸的銜接協調工作，負責公路運輸價格管理，負責汽車維修市場、汽車駕駛學校和駕駛員培訓工作的行業管理。
　　（七）水運管理司
　　負責水路運輸行業管理和運輸組織管理，制訂行業管理規章，參與制訂水運行業規劃、中長期計劃和年度計劃，負責水路國際國內運輸、船舶代理、外輪理貨和水運設備等行業管理工作，協調和審批國際、跨省航線，組織實施國家重點、緊急物資的運輸，培育管理水運市場，管理水運價格和港口收費，擬定、實施國際運輸合作協議和運輸協定。
　　（八）基建管理司
　　負責基本建設綜合工作，制訂水運基建行業規章、標準、規范、定額，參與制訂水運基本建設規劃、中長期計劃和年度計劃，負責大中型和部限額以上水運建設項目設計文件審查并監督協調項目實施，負責港航設施維護管理工作，培育管理水運基本建設市場。
　　（九）科學技術司
　　管理和指導交通科技工作，制訂行業科技政策、中長期科技發展規劃和年度科技項目計劃，組織實施交通重大科技項目、政府間科技合作項目和國內外科技交流，組織科技成果鑒定和推廣應用，培育交通行業科技市場，歸口管理交通標準、計量工作。
　　（十）教育司
　　管理和指導交通教育工作，制訂行業教育發展規劃和人才培養計劃，管理部屬普通高等教育、交通系統成人教育和職業技術教育，負責部機關職工教育的組織工作。
　　（十一）外事司
　　歸口管理交通外事工作，負責管理政府間有關交通運輸的對外經濟技術合作以及與國際組織有關的事宜。
　　（十二）安全監督局（對外稱中華人民共和國港務監督局）
　　負責全國水上交通安全管理工作，制訂水上交通安全管理的法規和措施并監督執行，負責船舶適航管理和水上交通管制，負責全國港航監督的執法管理工作，主管防止船舶污染水域和環境保護工作，負責海區航標、港口航道測繪和引航工作的行業管理，負責海上搜救的組織指揮。
　　（十三）公安局
　　管理和指導交通系統的公安工作，負責部機關的安全保衛工作。
　　（十四）機關黨委
　　負責部機關和在京直屬單位的黨群工作。

　四、人員編制和領導職數
　　交通部機關行政編制為５８５名。其中，部長１名，副部長４名；正副司局長５１名（含部總工程師２名，機關黨委專職副書記２名、紀委專職書記１名）。
　　紀檢、監察、審計等派駐機構和后勤、老干部服務機構及編制，按有關規定另行核定。
　　交通部設置政工機構問題，另行研究報批。