一、指導思想
　　水上安全監督管理體制改革要堅持精簡、統一、效能的原則。在統一的領導體制下，明確界定中央與地方對有關水域的管理分工，實行“一水一監、一港一監”。在同一水域、同一港口和同一地區不得重復設立水上安全監督管理機構。通過改革，進一步理順關系，明確職責，統一政令、統一布局、統一監督管理，逐步建立起與社會主義市場經濟體制相適應的，分工負責、運轉協調、行為規范、辦事高效、執法統一的水上安全監督管理新體制。

　二、中央管理水域的界定
　　國辦６７號文件規定，沿海（包括島嶼）海域和港口、對外開放水域及主要跨省、自治區、直轄市內河（長江、珠江、黑龍江）干線及港口（以下稱中央管理水域）的水上安全監督工作，由交通部統一領導。為進一步明確中央與地方水上安全監督管理的分工，對中央管理水域作如下界定：
　　（一）沿海（包括島嶼）海域和港口是指北起遼寧鴨綠江口，南至廣西北侖河口的我國沿海（包括島嶼）國家管轄的一切海域和沿海港口的所有碼頭、裝卸區、作業站點所在水域（包括入海河流河口第一港水域及其下游水域）。
　　（二）對外開放水域是指按照國家有關規定批準的對外開放的沿海、內河港口以及允許國際航行船舶通達、開放港口的內河通航水域。
　　（三）主要跨省、自治區、直轄市內河（長江、珠海、黑龍江）干線及港口是指由四川宜賓至上海的長江干線及與其交匯的干支流河口水域和港口；由廣西南寧及其以下西江干線、柳州及其以下柳江干線至廣東各主要入海口的珠江（西江）主要干線及其交匯的干支流河口水域和港口；內蒙古黑山頭、吉林大安及其以下黑龍江干支流水域和港口。干支流河口水域是指在干支流交匯處已設港口的所有碼頭、裝卸區、作業站點的水域；未設港口的是指干支流交匯處與干流通航秩序密切相關的水域。
　　在中央管理水域以外的內河、湖泊和水庫等（以下稱其他水域）的水上安全監督工作，由各省、自治區、直轄市人民政府負責。

　三、機構劃轉與合并的基本原則
　　（一）中央管理水域內的水上安全監督工作由交通部設置專門機構進行管理。為保證水上安全監督工作的連續性、統一性，避免重復設立機構，實現“一水一監”、“一港一監”，凡在被界定為中央管理的水域履行水上安全監督職責的地方水上安全監督機構，均劃轉為中央水上安全監督機構；在當地已設有中央水上安全監督機構的實行機構合并，由交通部領導。
　　（二）在中央管理水域以外的其他水域因過于分散或狹小、地方人民政府設置安全監督機構實施管理有困難，且有關省、自治區、直轄市人民政府提出將這些水域的水上安全監督工作交由交通部管理的，可由雙方協商確定；部分跨省、自治區、直轄市內河干線及港口的上游河段或季節性通航河段等中央管理水域，交通部擬委托有關省、自治區、直轄市人民政府負責管理的，也由雙方協商確定。
　　（三）在機構劃轉和合并中，一律按照１９９８年６月１８日在冊情況進入人員劃轉。與運輸管理、航道管理等其他機構合署辦公的，原則上從事水上安全監督業務的人員全部劃轉，綜合管理人員和離退休人員按劃轉的水上安全監督業務人員占所有業務人員的比例劃轉。
　　（四）中央管理水域內的地方水上安全監督機構劃歸交通部管理后，其規費收入一并劃轉交通部管理，具體管理辦法由財政部、交通部另行研究制定。改革后由地方管理的水上安全監督機構經費受到影響的，可從劃轉的規費中返還一部分。返還比例及數額，以省、自治區、直轄市所有劃轉單位１９９８年實際支付給改革后由地方管理的水上安全監督機構的規費數額占所有劃轉單位全部規費收入的比例為依據，由中華人民共和國海事局（交通部海事局）商財政部確定。返還方式，由財政部、交通部另行研究確定。
　　（五）劃歸交通部管理的地方水上安全監督機構的國有資產（包括土地、辦公業務用房、職工宿舍以及監督管理設施、設備和交通工具等），以１９９８年度經審計的財務會計決算為基礎，采取無償劃轉的方式，其債權債務一并移交。成建制劃轉的機構，實行資產整體移交；部分劃轉的機構，其資產按實際劃轉的職工占原機構職工人數的比例確定，無償劃轉，并按資產劃撥等有關規定辦理手續。
　　（六）劃轉與合并的水上安全監督機構在建的或已立項的基本建設項目，有關投資渠道問題由交通部與相關地方人民政府協商解決。

　四、業務管理與機構設置
　　（一）中華人民共和國海事局（交通部海事局）對全國水上安全監督工作實行業務領導。設在中央管理水域的中央各水上安全監督機構和設在其他水域的地方各水上安全監督機構，分別在所轄水域內實施水上安全監督工作。
　　（二）中央水上安全監督機構的設置和干部管理。
　　按照我國航運經濟的自然格局和船舶交通的特點，綜合考慮港口布局和行政區劃的情況，本著統一高效、分級負責的原則，在水運發達地區的主要港口城市或中心城市設置交通部直屬機構，負責所轄水域的水上安全監督工作。具體機構設置，按規定程序另行報批。交通部直屬機構的領導干部管理以交通部為主，交通部在任免其黨政主要領導干部時，應征求地方的意見。
　　中央水上安全監督機構的行政性收費和罰沒收入實行收支兩條線管理。
　　（三）地方水上安全監督機構的設置
　　中央管理水域以外的其他水域的水上安全監督工作，由省、自治區、直轄市人民政府設置機構實施管理。地方水上安全監督機構由省、自治區、直轄市交通行政主管部門領導，按照國家及交通部有關水上安全監督的法規、規章的規定，在管轄的水域內按業務授權范圍履行職責。地方水上安全監督機構的名稱由交通部統一規范。

　五、改革的組織實施
　　水上安全監督管理體制改革，在中央機構編制委員會辦公室指導下，由交通部和有關省、自治區、直轄市人民政府組織實施。交通部和有關省、自治區、直轄市人民政府應成立專門班子負責這項工作。要堅持積極穩妥的方針，周密部署，精心組織，妥善處理好各方面的問題，保持正常的工作秩序，保證國有資產不流失，確保改革的順利進行。
　　為有利于水上安全監督機構的劃轉與合并工作，交通部要依照改革方案與有關省、自治區、直轄市人民政府分別簽署協議，并組成聯合工作組負責辦理機構劃轉與合并的具體事宜。
　　劃轉與合并水上安全監督機構，按照“先海后江”的順序分步實施。沿海省、自治區、直轄市水上安全監督機構劃轉與合并工作應在１９９９年１０月１日前完成；沿長江、黑龍江的省、自治區、直轄市的水上安全監督機構劃轉與合并工作應在１９９９年年底前完成；地方設置水上安全監督機構等工作，由各省、自治區、直轄市人民政府根據本地機構改革情況統籌安排。