一、實施方案
　　（一）２４２個科研機構按照實現產業化的總體要求，從實際情況出發，自主選擇改革方式，包括轉變成科技型企業、整體或部分進入企業和轉為技術服務與中介機構等。經國家批準繼續保留事業單位性質的少數科研機構，也要引進科技型企業運行機制。
　　（二）科研機構轉制時，按照有關法律、法規的要求，其現有全部國有資產（包括土地使用權）轉為國有資本金。
　　（三）科研機構轉制為科技型企業時，要在工商行政管理部門登記注冊為企業法人；有條件的可以依照《中華人民共和國公司法》改制為有限責任公司或股份有限公司；注冊名稱可用原科研機構名稱（去掉原主管部門）或用符合登記規定的其他名稱。
　　科研機構轉制為科技型企業并實行屬地化管理的，要到所在省、自治區、直轄市工商行政管理部門登記注冊，其國有資產、人員編制、勞動工資等均劃歸地方政府管理。其中規模較大的，在改制后５年過渡期內，可由地方政府代表、國務院有關部門代表、有資金注入的相關行業骨干企業代表和本單位代表組成理事會。理事會的主要職責是，確定企業的發展方向和主要領導人的人選。
　　對少數轉制為中央直屬的大型科技型企業，由原主管國家局推薦，經科技部、國家經貿委、人事部審核并報國務院批準后，到國家工商行政管理部門登記注冊；其子公司或子企業以及直屬分支機構到所在省、自治區、直轄市工商行政管理部門登記注冊。其資產管理及有關財務關系交由財政部負責，領導干部的職務交由中央企業工委、人事部管理。
　　科研機構轉制為科技型企業后，要建立現代企業制度，按社會主義市場經濟的新機制運行，在經營、管理方面依法享有充分的自主權。同時，要加強研究開發工作，保持企業的持續創新能力。
　　（四）科研機構進入企業后，可作為企業的技術開發機構、子公司或其他分支機構。進入國有獨資企業的，其國有資產劃轉給所進企業；進入其他企業的，其資產經評估后作為國有資產投資，由地方政府對投入的國有資產進行監管。
　　（五）少數科研機構轉為技術服務與中介機構的，經國家批準，可保留事業單位性質，實行企業化運營。按照屬地化原則，這類機構原則上交由所在省、自治區、直轄市政府管理，其資產、人員編制和經費同時劃轉。
　　（六）科研機構轉制后，國家確認的技術認證和質量監督檢驗中心、進出口商檢中心，要保持相關機構和人員的穩定，經國務院有關部門審核認定后，繼續承擔國家交給的任務，接受國務院有關部門的監督和業務指導，以保持其開展相關業務的公正性。對這類中心，國家財政繼續給予必要的經費支持。具體改革管理辦法由科技部會同質量技術監督局、國家經貿委、財政部等另行制定。
　　（七）科研機構轉制后，原具有學位授予權的，繼續列入國家招生計劃招收研究生，報國務院學位委員會備案。研究生的培養要加強與高校的聯合，基礎課的授課任務可委托相關高校承擔。
　　（八）在轉制期間，２４２個科研機構的現有領導班子要保持相對穩定，確保國有資產不流失，日常工作仍以國家局管理為主。
　　（九）科研機構不得違反國家有關規定辦理職工退休手續。

　二、配套政策
　　科研機構轉制后，享受以下優惠政策：
　　（一）原有的正常事業費繼續撥付，主要用于解決轉制前已經離休人員的社會保障問題。
　　（二）職工養老保險按以下辦法執行：
　　轉制前已經離退休的人員，原離退休金計發辦法不變，離退休金發放和日常管理工作由原單位負責。
　　轉制后的在職人員實行企業職工基本養老保險制度。從１９９９年７月１日起，單位和個人按當地人民政府規定的比例繳納基本養老保險費，建立基本養老保險個人帳戶。１９９９年７月１日前的連續工齡視同繳費年限，不再補繳養老保險費。
　　轉制前參加工作、轉制后退休的人員，基本養老金計發按照企業職工基本養老保險制度的規定執行，對按企業基本養老金計發辦法低于原事業單位退休金計發辦法的部分，采用發補貼的辦法解決，所需費用從基本養老保險統籌基金中支付，補貼標準按國家有關規定執行。２００４年７月１日后退休的，執行企業計發辦法。有條件的企業可建立補充養老保險。企業要高度重視并保證科技人員退休后應有的生活待遇。
　　轉制后參加工作的人員，按照規定執行當地企業職工基本養老保險制度。
　　（三）基本建設項目投資由國家經貿委、科技部和有關國家局商國家計委在過去５年平均水平的基礎上，結合在建項目的實際情況，繼續由中央給予兩年補助支持。
　　（四）從１９９９年起５年內，免征企業所得稅，免征其技術轉讓收入的營業稅，免征其科研開發自用土地的城鎮土地使用稅。科研機構進入企業仍然從事科技開發并實行獨立經濟核算的，享有上述同等免稅政策。
　　（五）享有自營進出口權。
　　（六）享受國家支持科技型企業的待遇。
　　（七）參加國家科研課題和項目的申請、競標享有與其他科研機構同等的權利。
　　（八）已經批準的科研課題和項目繼續按原計劃實施。

　三、組織實施
　　此項改革工作在國務院領導下，由國家經貿委、科技部會同１０個國家局組織實施。各有關部門要認真負責、積極穩妥地做好工作，確保轉制工作按期完成。
　　（一）１０個國家局要指定專門辦事機構，精心組織，制定所屬科研機構的改革方案，在轉制過渡期內，尤其要做好細致的思想政治工作，確保改革的順利進行。
　　（二）科技部、國家經貿委會同有關部門做好改革方案的協調和審核工作，監督改革相關政策的執行情況，及時協調解決改革過程中的出現的有關問題。對轉制過程中遇到的重大問題及時向國務院匯報。
　　（三）有關地方政府要認真做好接納科研機構的工作，妥善解決他們的困難，重視發揮他們的優勢，加速科技產業化。不得隨意向這些單位安插人員，確保轉制工作高質量、高效率、如期完成。
　　（四）國務院各有關部門要顧全大局，密切配合，不推諉、不扯皮，特事特辦，盡職盡責地對科研機構的改革給予大力支持；
　　（五）改革實施的進度安排：
　　１．１９９９年３月份啟動并開展工作；
　　２．４月１０日前，１０個國家局要將所屬科研機構轉制方案報科技部、國家經貿委匯總審核；由科技部、國家經貿委、中編辦、財政部商有關部門，將審核后的轉制方案于４月２５日前報國務院審批；
　　３．轉制方案經國務院批準后，由國家經貿委及１０個國家局負責在６月３０日以前，完成所屬２４２個科研機構的轉制工作。７月１日起開始按新的管理體制運行。
　　完成轉制工作的標志是：國務院批準科技部、國家經貿委、中編辦、財政部上報的轉制方案并辦理完移交手續。對于清產核資、資產劃撥、工商登記注冊等具體手續，可適當延長一些時間，由國家經貿委、科技部、１０個國家局以及有關部門協助抓緊進行。
　　本實施意見由科技部負責解釋。
　　科學技術部
　　國家經濟貿易委員會
　　中央機構編制委員會辦公室
　　財政部
　　國家發展計劃委員會
　　勞動和社會保障部
　　人事部
　　教育部
　　對外貿易經濟合作部
　　國家稅務總局
　　國家工商行政管理局
　　國家質量監督局