一、經費來源
　　（一）中國科學院重大科研工程運行維護經費，按年度由國家財政專項撥款，稱為“中國科學院專項費用”，在財政部單列，每年由財政部直接核定戴帽下撥我院，實行獨立的預、決算制度。
　　（二）中國科學院重大科研工程運行維護專項經費由中國科學院計劃局根據專項經費管理的有關規定會同各專業局歸口管理。

　二、分配原則
　　（三）保證重點、全面安排：
　　運行維護專項經費的安排應優先保證重點，在保證重點的前提下，做好全面安排。
　　（四）嚴格核算，擇優支持：
　　按照各個重大科研工程運行維護的實際需要，據實核算審查，并對運行維護較好、效益較好的給予優先保證。

　三、申請、審核與審批程序
　　（五）各重大科研工程所需年度運行維護費用，由各單位根據年度運行維護情況和開展科研工作目標，于每年１０月底提出當年度運行維護和研究試驗工作總結，并提出下一年度的運行維護費用的預算計劃（明細）和詳細研究與實驗工作計劃，并上報院計劃局和有關業務局。
　　（六）計劃局會同各有關業務局于每年年底前組織重大科研工程運行維護總結和預算工作會議。會議除對當年度重大科研工程的運行維護情況進行檢查和總結外，并對下一年度的研究與實驗工作計劃進行初步審核，同時對下一年度的運行維護計劃進行研究和討論后提出初步預算，經計劃局綜合平衡后商各業務局再報院審批，然后上報財政部、國家計委和國家物資部，同時由計劃局歸口同上述各領導部門進行聯系和落實。
　　（七）每年第一季度，由計劃局會同各有關業務局召開重大科研工程年度計劃工作會議，根據國家安排的運行維護專項經費的額度，按照各重大科研工程當年工作目標和運行維護計劃，研究當年運行維護經費的分配方案，并參照上一年度運行維護情況好壞和研究實驗工作的進展情況等指標，提出我院重大科研工程年度運行維護的安排計劃，并同各有關業務局協商后報院領導審查后下達。

　四、管理
　　（八）各單位應按照院下達的經費額度安排好年度計劃，并采取措施切實抓好重大科研工程的運行維護及其相應的組織與管理工作。
　　（九）重大科研工程運行維護專項經費專款專用，不得挪用，并按年度下達控制額度包干使用，節余留用，超支不補。財務上應按第三會計制度要求，實行單獨立帳，獨立核算，單獨報預算和決算。
　　（十）重大科研工程運行維護費用的使用范圍包括：設備運行正常的材料消耗費用；設備和系統的正常維修費用；學術活動和學術交流費用以及新增運行維護人員的人頭費（將下達控制數）和有關勞保費、保健費與管理費等。為提高裝置和系統的性能與水平而進行的設備更新及改造費用不在其列。
　　（十一）重大科研工程運行維護費用由院按季度撥款，各單位應按附表一要求于每季度第一個月２０日前上報前一季度的運行維護情況。每年年底或下年１月底應按附表二的要求上報當年運行維護的基本情況。
　　（十二）各單位應采取切實措施，建立穩定的運行維護專業隊伍，實行責任制，確保科研工作的各個部分的合理維護與安全運行，并通過培訓、進修、考核等各種手段，保證重大科研工程運行維護人員的技術水平和整體素質不斷提高，使之能夠完全適應和勝任對于大型科研工程的運行和維護工作，以不斷提高設備的運行水平和科研工作的水平。
　　（十三）各單位應將重大科研工程的運行維護、所開展的實驗研究工作的進展和運行維護費用的使用等作為重點抓緊抓好，并保證大型科研工程的日常運行處于較好的或最佳的狀態，并建立嚴格的管理辦法，使設備運行維修的管理科學化、制度化。對于因非正常因素造成的設備運行不正常而較長時間影響研究與實驗工作的有關事故，應及時向上級單位報告，并提出盡快改進工作的意見和措施。
　　（十四）為促進各重大科研工程的運行維護工作的水平不斷提高，院設計局和有關業務局應定期對有關工程的運行維護情況進行檢查，必要時可組織有關專業技術人員和科學家對其運行維護情況和研究實驗工作的進展情況進行評議，并對運行維護經費的使用情況進行檢查，同時提出評議報告和檢查意見，其結果將作為下一年度分配運行維護經費的考核指標之一。
　　（十五）重大科研工程的運行維護人員應按照貢獻大小、水平高低、工作態度和參與的運行維護時間等情況適當予以獎勵、獎勵經費來源，按國務院《關于深化改革科研單位事業費撥款和收益分配制度的意見》的規定，從包干節余中提取。
　　（十六）重大科研工程在運行的過程中，應當通過實踐，在提高運行效益方面積累有益的經驗。應積極鼓勵運行維護人員在保證安全經濟運行與順利進行研究及實驗工作的基礎上，大力開展國內外的橫向協作和各種技術服務。在條件許可的情況下，爭取創收，逐步做到在某些項目中頂替國家下達的運行維護專項經費的一部分或少部分，并用于改善運行維護人員的生活待遇。具體做法可在實踐的基礎上提出具體方案報院審批。
　　（十七）本辦法自院批準之日起執行，在實踐過程中還可以不斷修改并加以完善。
　　（十八）本辦法由中國科學院計劃局負責解釋。