首先，它屬于國家賠償責任。國家賠償責任，是指國家機關及其工作人員在執行職務的過程中給公民、法人或其他組織的合法權益造成損害依法應承擔的法律責任。國家賠償責任可分為行政賠償責任、司法賠償責任、立法賠償責任和軍事賠償責任等。國家賠償責任具有以下幾個特點：主體的公權性。即國家賠償責任的主體必須是享有國家公權的組織，包括國家立法機關、司法機關、行政機關和軍事機關等。非享有國家公權的組織不是公權主體，不能引發國家賠償責任。原因行為的職務性。國家賠償責任是發生在國家機關及其工作人員在執行職務的過程之中。損害的結果性。國家賠償責任以實際發生了損害的結果為前提。沒有實際損害結果的存在，不適用國家賠償責任。受害權益的私益性。亦即國家賠償責任中所針對的損害是受害人的私益性的損害，而不是公益性的損害，包括受害人的人身或財產損害。從登記機關在瑕疵公司登記情況下對登記申請人及第三人承擔的損害賠償責任看，符合國家賠償責任的特征：第一，公司登記機關為國家工商行政管理部門，是國家行政機關，符合國家賠償責任中“主體的公權性”特征;第二，導致登記機關承擔瑕疵公司登記損害賠償責任的行為是公司登記行為，而公司登記行為是登記機關及其登記人員的職務行為，非個人行為，符合國家賠償責任中原因行為的職務性特征;第三，瑕疵公司登記給登記申請人或交易第三人造成的損害，主要是財產性損害，屬于私益性，符合國家賠償責任中受害權益的私益性和損害的結果性特征。因此，登記機關瑕疵公司登記之損害賠償責任應當屬于國家賠償責任性質。在我國，由于公司登記機關是行政機關性質，登記機關的公司登記行為是行政行為。因此，進一步言之，我國登記機關瑕疵公司登記之損害賠償責任屬于國家賠償責任中的行政賠償責任。

其次，它屬于特殊侵權責任。如上所述，登記機關瑕疵公司登記之損害賠償責任屬于國家賠償責任，而國家賠償責任在本質上表現為一種侵權責任，具體表現為國家侵權責任，是國家機關及其工作人員的職務侵權責任。不過，這種侵權責任與一般普通民事侵權責任又不完全相同，一般民事侵權責任的侵權主體是普通的私主體，而國家賠償責任的侵權主體是國家機關，是公主體;一般民事侵權責任的侵權是基于私法關系而產生，而國家賠償責任中的侵權是基于公權關系而產生。公司登記機關因公司登記瑕疵給登記申請人和第三人造成的損害，實質上就是對申請人和第三人的侵權，侵犯的是申請人和第三人的財產權益。基于公司登記機關的性質及其登記行為的性質，登記機關因瑕疵登記對申請人和第三人的損失承擔的責任，是國家侵權責任中的行政侵權責任，可以歸入特殊侵權的范圍。

最后，它屬于民事責任。我國《民法通則》第121條明確規定：“國家機關或國家機關工作人員在執行職務中，侵犯公民、法人的合法權益造成損害的，應當承擔民事責任。”公司登記機關的公司登記行為是國家機關或國家機關工作人員執行職務的行為，登記機關的瑕疵公司登記導致登記申請人或交易第三人損害的，是對公民、法人合法權益的侵害，因此，登記機關瑕疵公司登記給登記申請人或交易第三人的合法權益造成損害的，應當按照《民法通則》第121條之規定對登記申請人或交易第三人承擔民事責任。另外，再從國家賠償責任的法律責任性質看，登記機關瑕疵公司登記之賠償責任作為一種國家賠償責任，并不是行政責任，“而是一種民事法律責任”，“是一種民事性質的賠償責任”，“它適用民事賠償和民事補救的方法”。

綜合上述，因登記機關所致瑕疵公司登記，可能造成對登記申請人及交易第三人的損害，登記機關應當對登記申請人及第三人的損害承擔責任，這種責任屬于國家賠償責任，屬于特殊侵權責任，屬于民事責任。