保險糾紛案件的管轄，民事訴訟法有原則的規定，即民事訴訟法第二十六條：“因保險合同糾紛提起的訴訟，由被告住所地或者保險標的物所在地的人民法院管轄。”最高人民法院為了進一步明確涉及運輸工具和貨物運輸的保險糾紛的管轄，在關于適用《中華人民共和國民事訴訟法》若干問題的意見的司法解釋中第二十五條規定：“因保險合同糾紛提起的訴訟，如果保險標的物是運輸工具或者運輸中的貨物，由被告住所地或者運輸工具登記注冊地、運輸目的地、保險事故發生地的人民法院管轄。”

司法實踐證明，法律和司法解釋的這兩條規定是合適的，并沒有引起爭議。倒是由于保險公司的架構復雜而涉及的訴訟主體問題，經常會引起管轄爭議。對于此類問題，最高人民法院在關于審理保險案件若干問題的解釋(征求意見稿)第五十八條第二款中作了明確：“保險公司依法成立的各級分支機構享有獨立的訴訟主體資格。人民法院在審理保險糾紛案件時不得將簽定保險合同的分支機構的上級公司或者總公司列為共同被告。”這是一個必要的有針對性的規定。但是征求意見稿五十八條第一款的規定需要重新斟酌，該條款規定：“(管轄法院及訴訟主體問題)保險糾紛由被告住所地人民法院管轄。當事人另有約定的除外。”就目前現實而言，通常保險合同會有仲裁或訴訟的選擇條款，但選擇仲裁的極少，而另行約定訴訟管轄法院的更少，只限于個別大的保單。就普遍而言，如果按征求意見稿的規定將被告住所地作為惟一的法定管轄法院，在實踐中會有問題：

筆者遇到過這樣一個案件：華南某市的藥品銷售公司向華北某地的一家藥廠購買藥品，并委托該藥廠安排貨運和購買貨運保險，當裝滿藥品的大卡車行至南京附近時，車輛起火燃燒，藥品大部分被燒毀，車輛也損壞嚴重并殃及現場的其他財產，當地消防機關趕來滅火后，公安交警就把該卡車和貨物扣押。而由于承運人是一個個體運輸戶，遇到這次事故已經損失慘重，根本無力再對藥品公司進行賠償。藥品公司又與保險公司在賠償數額上與殘余物資的作價上相持不下，只得通過訴訟解決。最后原告按最高院司法解釋的規定選擇了在事故發生地(也是保險標的物所在地)的人民法院管轄。這個選擇應該是合適的，它方便了人民法院的取證、鑒定(公估)機構實施鑒定、確定損失的范圍和數額。有利于人民法院查明案件事實并作出相應處理。但是如果按照征求意見稿的規定，那就別無選擇，只能到被告(保險公司)住所地也就是華北某地去訴訟了。而為了查明案件事實，華北某地法院的承辦法官和鑒定機構人員(法院通常是指定法院所在地的鑒定機構進行鑒定的)都要到南京附近來取證辦案，這非常不利于案件的審理。當然如果本案原告選擇了運輸目的地的法院管轄，也會產生類似的問題。但是針對在海運、航空運輸中發生的保險糾紛的一些狀況，規定運輸工具登記注冊地和運輸目的地作為管轄法院是有必要的。而單純以被告住所地為管轄法院，也照顧不到大型商業保險中的異地承保和統括保單業務的復雜情況。