筆者認為，企業在對2008年度的企業所得稅匯算清繳時，不僅要注意調整因新稅法與財務會計制度不同而形成的差異，處理好新、舊企業所得稅政策規定的銜接與過渡，把握準新稅法規定的新內容等，還不能忽視下面幾個問題。

1、不是所有的企業所得稅納稅人都必須進行匯算清繳。實行核定定額征收企業所得稅的納稅人不進行匯算清繳。

2、不是所有的企業都必須在年度終了后匯算清繳?！镀髽I所得稅法》第五十五條規定，企業在年度中間終止經營活動的，應當自實際經營終止之日起60日內，向稅務機關辦理當期企業所得稅匯算清繳。企業應當在辦理注銷登記前，就其清算所得向稅務機關申報并依法繳納企業所得稅。《企業所得稅法》第五十三條規定，企業所得稅按納稅年度計算。納稅年度自公歷1月1日起至12月31日止。企業在一個納稅年度中間開業，或者終止經營活動，使該納稅年度的實際經營期不足12個月的，應當以其實際經營期為一個納稅年度。企業依法清算時，應當以清算期間作為一個納稅年度。這就是說，2009年1月1日～5月31日期間，只是截止到2008年12月31日仍存續企業的企業所得稅匯算清繳時間。而2008年12月31日前已終止經營活動的企業，應當自實際經營終止之日起60日內，向稅務機關辦理當期企業所得稅匯算清繳。例如，某企業因故在2008年12月20日終止了其經營活動，那么該企業應當自2008年12月20日起60日內，向稅務機關辦理當期企業所得稅匯算清繳。

3、不要以為新稅法實施以前的有關企業所得稅所有文件都已作廢。《國家稅務總局關于做好2008年度企業所得稅匯算清繳工作的通知》(國稅函[2009]55號)第三條就“有關企業所得稅政策和征管問題”規定，對新稅法實施以前財政部、國家稅務總局發布的企業所得稅有關管理性、程序性文件，凡不違背新稅法規定原則，在沒有制定新的規定前，可以繼續參照執行;對新稅法實施以前財政部、國家稅務總局發布的企業所得稅有關的政策性文件，應以新稅法以及新稅法實施后發布的相關規章、規范性文件為準。

4、匯算清繳時未納稅的人民幣以外的貨幣所得部分，執行2008年12月31日的人民幣匯率中間價。《企業所得稅法實施條例》第一百三十條第一款規定，企業所得為人民幣以外的貨幣的，預繳企業所得稅時，應當按照月度或者季度最后一日的人民幣匯率中間價，折合成人民幣計算應納稅所得額。年度終了匯算清繳時，對已經按照月度或者季度預繳稅款的人民幣以外的貨幣，不再重新折合計算，只就全年未繳納企業所得稅的人民幣以外的貨幣所得部分，按照納稅年度最后一日的人民幣匯率中間價，折合成人民幣計算應納稅所得額。

5、匯算清繳時應繳應退的稅款，必須在匯算清繳期限內結清?！镀髽I所得稅法》第五十四條第三款規定，企業應當自年度終了之日起5個月內，向稅務機關報送年度企業所得稅納稅申報表，并匯算清繳，結清應繳應退稅款。而原《企業所得稅暫行條例實施細則》第五十三條規定，納稅人在年終匯算清繳時，少繳的所得稅稅額，應在下一年度內繳納;納稅人在年終匯算清繳時，多預繳的所得稅稅額，在下一年度內抵繳。因此，新稅法對匯算清繳時應繳應退稅款規定的處理時限，企業一定要記準。否則，企業很容易引來不必要的經濟損失。

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