仲裁庭可以允許申請人撤案。但我國《仲裁法》應當明確規定申請人的撤案申請權，但同時要考慮到被申請人的利益，在被申請人已經提交了答辯書或者已經作了實質性答辯準備的情況下，申請人如欲撤回仲裁申請的，應當征得被申請人同意。

對于撤案申請權問題，實踐中有一種觀點，認為沒有必要就此正面作出一般性的規定，其理由是：仲裁機構對案件的管轄、審理與裁決均是基于雙方當事人此前自愿達成的仲裁協議，當事人應當遵守彼此達成的仲裁協議，故在案件被提交仲裁之后，即不應當違反協議而將案件撤回。但是，這種觀點顯然是有失偏頗的。

首先，這種觀點與有關現行法律規定相沖突。申請人經書面通知，無正當理由不到庭或者未經仲裁庭許可中途退庭的，可以視為撤回仲裁申請;當事人申請仲裁后，雙方達成和解協議的，除了可以請求仲裁庭根據和解協議作出裁決書以終結案件外，也可以選擇申請人撤回仲裁申請的方式來終結案件。此外，根據《仲裁委員會仲裁收費辦法》第6條第二款的規定，當事人在規定的期限內不預交案件受理費，又不提出緩交申請的，也視為撤回仲裁申請。顯而易見，在上述幾種情形下，法律是允許當事人撤回仲裁申請的，或者由仲裁庭將案件作視為撤回仲裁申請處理，且并不認為撤回仲裁申請與仲裁協議相矛盾。因此，以違反仲裁協議為理由而否定撤案申請權的正面設定是不能成立的，也是與現行法律規定相沖突的。

其次，撤回仲裁申請與違反仲裁協議是性質完全不同的兩回事，不可相提并論。仲裁協議是雙方當事人就民商事糾紛的主管問題所達成的一種約定，即當事人雙方約定將彼此間所產生的民商事糾紛提交某一特定仲裁機構仲裁，而明確排除法院的司法審判。因此，違反仲裁協議一般是指當事人在糾紛發生后不按協議的約定提交仲裁卻向法院提起訴訟。而撤回仲裁申請則是指當事人在遵守仲裁協議，即已提交仲裁的前提下不再要求仲裁機構繼續對案件進行審理。其原因可能是因為雙方當事人自行達成了和解協議，也可能是因為申請人認為自己申請仲裁本身考慮欠妥，還可能是因為被申請人主動履行了義務，等等。因此，不能將撤回仲裁申請與違反仲裁協議混為一談。

最后，否認正面賦予申請人以撤案申請權是與仲裁機制所固有的處分原則相悖離的。

綜上所述，撤案申請權是仲裁程序中申請人理應享有的一項重要權利，我國《仲裁法》應對此正面作出明確規定。但，是不是只要是申請人申請撤案，仲裁庭就必須允許呢?實際上，仲裁庭是否允許申請人撤案還應該考慮案件的實際情況以及對被申請人合法權益的保護，而不能僅僅依據申請人的意愿來決定仲裁程序的終結，否則明顯有違仲裁程序應有的公正性。可以通過下面的案例說明一下。

申請人A公司與被申請人B公司因貨款支付問題發生爭議，申請人根據雙方在合同中簽訂的仲裁條款向中國國際經濟貿易仲裁委員會提請仲裁。由于本案牽涉的與本案有關的人員較多，案情較為復雜，仲裁庭多次合議并先后三次開庭審理本案。仲裁期間，仲裁庭還應雙方當事人的要求委派專門機構進行證據鑒定，并移交有關人民法院采取了財產保全措施。然而，就在仲裁庭將本案的基本情況查清即將作出裁決的時候，申請人要求撤銷本案。

仲裁申請人有撤案申請權，但考慮到本案具體情況，被申請人為參與本案仲裁投入了大量的時間、精力和財力;而且為了避免當事人為同一爭議反復提起仲裁，迫使另一方不得不反復應訴，仲裁庭可以要求申請人對被申請人為參與本案所支付的費用作出適當的補償。

這就提出了一個問題，即撤回仲裁申請是否需要征得被申請人的同意?對于這一點，筆者認為，在被申請人已經提交了答辯書或者已經作了實質性的答辯準備的情況下，申請人如欲撤回仲裁申請的，應當征得被申請人的同意。其理由在于：《仲裁法》在賦予申請人撤案申請權的同時，亦應當注意加強對被申請人合法權益的保護。具體來講，在申請人提出仲裁申請且被仲裁委員會受理之后，被申請人即因此而被動地進入了仲裁程序，不得不花費大量的時間和精力進行答辯，而且為了進行仲裁活動和委托代理人，還必須支付相當一筆費用。在此背景下，如果被申請人認為申請人的仲裁請求在法律上不能成立或者毫無道理，那么被申請人就很可能因此而希望將業已開啟的仲裁程序進行到底，以達到分清是非、明確責任的目的。因此，為了保護被申請人的合法權益，《仲裁法》顯然應當考慮其對申請人撤回仲裁申請的態度。另外，申請人撤回仲裁申請后，是可以重新申請仲裁的，而一旦仲裁程序再行啟動，被申請人將會再次受到申請人的“攪擾”，并且又要付出一定的時間、精力和費用。從這個角度來看，在處理撤案申請權問題時，如果全然不顧及被申請人的意愿，顯然也是有欠公正的。