一、對具體行政行為是否合法承擔舉證責任

《行政訴訟法》第34條規定：“被告對作出的具體行政行為負有舉證責任，應當提供作出該具體行政行為的證據和所依據的規范性文件;”《解釋》規定：“在行政訴訟中，被告對其作出的具體行政行為承擔舉證責任。被告應當在收到起訴狀副本之日10內提交答辯狀，并提供作出具體行政行為時的證據、依據;被告不提供或者無正當理由逾期提供的，應當認定該具體行政行為沒有證據、依據。”

行政訴訟法規定由被告對其作出的具體行政行為承擔舉證責任，主要是基于以下原因：

第一，行政機關應當先取證后裁決，以證據證明具體行政行為認定的事實，以法律為依據作出處理決定，而不能在沒有證據的情況下，對相對人作出具體行政行為。當行政機關作出的具體行政行為被訴諸法院時，被告應當有充分的證據證明其行為的合法性。

第二，在行政法律關系中，行政機關處于主動地位，其實施行為時一般無須征得公民、法人或其他組織的同意，具有主動執法的權利，根據權利義務平等的原則，在行政訴訟法律關系中，行政機關應當負有舉證的義務，這樣才能體現雙方當事人平等的法律地位。

二、對原告起訴是否超過法定起訴期限承擔舉證責任

《規定》與《解釋》規定原告應當對其符合起訴條件承擔舉證責任，“但被告認為原告超過訴訟期限的除外。”根據這些規定，被告認為原告超過法定期限的，由被告承擔舉證責任。即在訴訟過程中，被告提出原告超過起訴期限的主張，應當由被告對其主張承擔舉證責任。也就是說，如果被告無法證明原告超過起訴期限的，法院應當認定原告沒有超過起訴期限，而無需由原告進一步證明起訴符合法定的條件。

例如，某行政機關于3月1日作出一個處罰決定，某公民于7月1日向法院提起訴訟。該公民在起訴的時候，向法院提供證人證言，證明其于4月1日收到該行政機關的處罰決定書。法院經審查起訴材料，認為該公民初步證明了其符合起訴條件，決定受理此案。但在訴訟過程中，被告主張原告已經超過起訴期限，被告應當就自己的認為原告超過法定起訴期限的主張承擔舉證責任。這同樣符合“誰主張，誰舉證”的原則。

《規定》沒有明確規定該條是否適用于不作為的案件。筆者認為，在起訴被告不作為的案件中，被告認為原告超過起訴期限的，同樣應當由被告承擔舉證責任。例如，某公民需要某公安機關的救助，打電話給公安機關。但公安機關接到電話后，沒有作出任何反應，致使該公民的合法財產遭受損害。于是該公民向法院提起訴訟。但公安機關認為該公民起訴超過起訴期限。而該公民認為自己沒有超過起訴期限。在這種情況下，同樣應當由被告承擔舉證責任。如被告向法院提供電話記錄，以證明原告是在打電話兩年后提起訴訟，超過了法定的起訴期限。

三、對部分行政許可申請人是否符合申請條件承擔舉證責任

在行政許可領域，應當區分許可事項是否對公眾安全存在重大隱患，并以此區分舉證責任的分配。許可涉及事項對公眾安全不存有重大隱患時，行政機關拒絕申請人(原告)申請的，由被告行政機關就原告的申請不符合法定條件承擔舉證責任。這是因為許可不是行政機關對申請人的恩賜，而是對原屬于公民的權利的恢復。法律所設定的禁止在于確保行政機關審查程序的實施，實體上自始就保留許可的可能性，設定許可制度的目的只是在于由行政機關預防性控制社會生活。

因此，許可決定是公民一般行為自由的恢復，賦予公民的是公民原本享有的權利。如果行政機關拒絕公民的申請，實質上構成對公民人身權、財產權的侵害，根據依法行政原則的要求，行政機關在作出拒絕決定時必須符合法定拒絕的條件。在行政訴訟中應由行政機關就申請人(原告)不具備許可的法定條件承擔舉證責任。但如果許可事項對公眾安全存在重大隱患時，應由原告對其是否具備許可條件承擔舉證責任。

四、對部分行政賠償的損害是否由其造成的承擔舉證責任

《行政訴訟法》和《國家賠償法》沒有規定行政賠償案件的舉證責任，按照《解釋》和《規定》的規定，對行政機關的加害行為是否存在，損害是否由加害行為造成的均由原告承擔舉證責任。筆者認為，這種一律由原告承擔舉證責任的規定不符合舉證責任分配的原理，而且對原告不利。在下列情況下，原告舉證會非常困難，此時應由被告承擔舉證責任。

1、對其是否實施了非法剝奪限制公民人身自由的行為承擔舉證責任

限制人身自由的行政訴訟案件，由于被訴行為對行政相對人的侵害較為嚴重，行政主體與相對人之間矛盾尖銳，實踐中發案率也較高，因此是行政訴訟中一種重要的案件類型。筆者認為此類案件應當由被告對其是否實施了非法剝奪公民人身自由的行為承擔舉證責任。如果被告否定實施了非法羈押行為，則其應當提供證據證明。不能證明的，則應認定為非法羈押行為存在。因為，在法治國家中，行政機關實施剝奪、限制公民人身自由的行為，就其程序而言，應當出具書面決定書。

但在實踐中，有的行政機關實施了非法羈押公民的行為，卻不出具任何的書面決定書，導致公民起訴時對行政機關的非法羈押行為無法證明。因此，此類案件應當由被告承擔舉證責任，如果行政機關不能證明，則應認定非法羈押行為存在。如原告甲對被告某公安局對其給予行政拘留的行政處罰不服，向人民法院起訴并請求公安機關賠償限制人身自由造成的損害。則某公安局應對是否對甲有限制人身自由的行為向法院提供處罰的法律依據。如果公安局逾期不提供證據，或者無法提供證據，則法院不應要求甲來證明違法的事實是否存在，直接可以據此裁決公安局的拘留行為存在。

2、對處于其監管中的公民傷亡、失蹤的原因承擔舉證責任

公民在失去人身自由、處于行政機關監管過程中死亡、失蹤、身體受到傷害的，應當由行政機關就公民的死亡、失蹤、身體受到傷害不是由其行為造成的承擔舉證責任。如果行政機關不能證明損害是因為公民自己的行為或同室關押人員造成，或者具備其他免責情形，應當認定損害是由行政機關造成的，行政機關應當承擔賠償責任。如公民某甲行政拘留期滿從看守所出來時身上有多處傷痕，聲稱是在拘留期間被看守人員毆打造成的，要求賠償。此種情形就應該由被告就損害事實承擔舉證責任。

因為在此種情形下，原告人身自由處于被告控制之下，而且要聽從其管理，要求原告證明傷害由看守人員所為事實上不可能。在原告人身處于被告嚴格控制時，被告具有更強的舉證能力，應由被告而非原告對此承擔舉證責任。