風險一：主體資格和經營范圍的風險

目前依托于銀聯建立的第三方支付平臺，除少數幾個不直接經手管理往來資金，將其存放在專用的賬戶外，其它都可直接支配交易資金，這就容易造成資金不受監管甚至越權調用的風險。這類支付服務涉及到支付結算賬戶和提供支付結算服務，突破了現有的一些特許經營的限制，按照商業銀行法等一些法律法規，整個支付結算業務和支付清算業務實際上還是屬于銀行專用的一種業務。開立賬戶后，在賬戶里沉淀資金怎么定性，到底是不是做存款，現在很多企業為了避開吸收公共存款這樣一個說法，提出其只是提供代理服務。而這種代理服務在商業銀行法里面作為代理收付款業務，也是銀行的業務。這類業務目前實際上還是屬于特許業務，非銀行機構從事這方面的業務面臨著法律上的突破。

風險二：結算和虛擬賬戶資金利益歸屬風險

第三方支付平臺利用資金的暫時停留，在交易過程中約束和監督了賣家和買家。但是不能忽視了這樣一個事實：當賣方把資金劃入第三方賬戶，第三方就將起到了資金保管人的作用。資金的所有權并沒有發生轉移，買方依然是資金的所有人，當買方和賣方達成某筆交易，買方收到商品，通過第三方向賣方付款時，此時款項的所有權應仍屬于買方所有，直至款項進入賣方賬戶或者買方確認接受付款后，所有權轉為賣家。可以看到，第三方作為款項的保管人，始終不具備對資金的所有權，只是保管義務。隨著將來用戶數量的增長，這個資金沉淀量將會非常巨大。根據結算周期不同，第三方支付公司將可以取得一筆定期存款或短期存款的利息，而利息的分配就成了一個大問題。

風險三：沉淀資金流動性風險

對于沉淀資金的風險存在兩個方面：其一，作為第三方支付機構，是否有權使用沉淀資金，由于第三方機構不具有銀行特有的性質。所以，存在使用的沉淀資金的風險。其二，第三方支付機構如果運用這筆資金也處于一種兩難的境地，不動用交易帶來的沉淀資金，使第三方支付機構坐擁資金而不得動用沉淀資金，則無疑會使得網上交易的消費者的交易安全處于一種不安定的狀況。尤其，當第三方支付機構對沉淀資金的使用不善而對用戶造成無法彌補的損失時，這種行為和帶來的損失將如何定性，如何進行賠付，都需要法律進行約束。

風險四：非法轉移資金，洗錢風險

由于這種機構的出現使得投資人和借款人雙方在通過第三方支付保證的同時，增加了誠信和標的質量保證。但是如果非法資金進入了第三方支付體系，那么很快就可以變成合法資金。由于作為第三方支付機構并不能完全地控制交易的真實性，畢竟第三方支付機構并不知道所謂的標是否已經完成了流通，標的數量是否真實，這都是目前無法去管理和跟蹤的。

風險五：信用卡套現風險

第三方支付也會成為資金套現的工具，由此也會帶來一定的金融風險。比如有的網上交易實際上并不是進行真實的消費，而是制造一筆虛假交易，通過銀行卡支付后，錢進入了支付平臺的賬戶，通過賬戶轉移到銀行，從銀行取現，時間上就是為了套取現金。對銀行卡來講，信用卡限定了額度，在這個額度內使用，可以預先透支，提供這種支付工具是為了促進或者為了滿足支付需要或者消費需要，并不是為了讓人大量使用現金。對信用卡的取現有一套控制制度，或者通過交易成本限制他的使用，而網上交易則避開了這些。現在很多網站還是不收費的，成本幾乎就是零，通過這樣一種途徑，套現更為方便。

風險六：交易風險

一方面，由于網絡存在虛擬性，這就必然會有網絡欺詐的發生。作為第三方支付平臺，對支付資金進行保管，一旦交易完成后，由買賣其中一方產生的欺詐，第三方支付機構必然有一定的連帶責任風險。另一方面，由于網絡安全所引發的電子支付過程的被盜現象頻繁發生，而且電子簽名或數字簽名在電子支付中的使用不足，第三方支付機構作為一個法律主體參與了交易的過程，其必然也會有一定的法律責任。