一、核算主體不清晰，違規問題嚴重

中小企業具有“船小好調頭”的優勢，同時也有產權不明晰，管理不規范的劣勢。我國的很多中小企業，經營權和所有權高度集中，投資方和管理方混為一談，產權不明晰，都給會計核算工作帶來了困難，由于有些企業對會計工作不夠重視，不按照規定記賬，造成會計核算中很多不規范的地方，比如不設立賬面，以票代帳，或者賬面管理混亂。在會計核算方面，有些企業用記賬的方式操縱利潤，或者用收入不計入賬面、虛增成本等手段逃稅，給國家帶來損失。有些中小企業不按照會計制度對固定資產折舊進行分類，而是根據自己需要盡快處理等等，這些操作都沒有認真執行相關規定，而是按照經營者的意圖隨意更改賬面，造成會計信息的失真。另外，還存在著一些企業為了降低成本，在交易時愿意和合作方執行較低的價格，會計記賬時采用不合規的收據入賬或者根本不入賬，不僅僅違反會計制度，也有悖于法律的要求。

二、會計人員配備不齊全，機構設置不盡合理

我國大部分企業基礎較差，對管理不夠重視，造成會計機構設置層次不清晰、分工不具體等問題，有的微小企業為了解決成本，甚至不安排會計人員或者安排自己的親戚擔任會計，有的甚至是一點兒會計知識都不具備，更不用提持證上崗了;還有一部分采用的會計外包的方式，兼職會計問題嚴重，流動性強，管理性差。同時，還存在著會計人員學歷層次低、會計人員老齡化、會計培訓不到位等問題。中小企業會計人才缺乏一方面與經營者的個人素質和重視程度有關，另一方面也由于企業規模小，激勵方式有限，對優秀會計人員的吸引力不夠，造成會計人員招不來，留不住，發展不好，人員不穩定，跳槽現象嚴重，這些都對企業會計核算水平造成了直接影響。

三、對會計檔案重視不夠，會計資料保存不善

一些中小企業為了節約成本，沒有按照要求將會計檔案保存好，既沒有專人負責資料的管理，也沒有固定的地方存放，造成大量的會計報表和會計憑證隨意堆放，到賬會計資料損毀、丟失的事情經常出現，這不利于企業的長遠發展，比如上市對會計信息的披露要求等等，中小企業的管理者應加強管理，切實保證會計信息的完整性。

四、企業內部控制制度不完善，缺乏有效監督

通過走訪，我們發現很多中小企業沒有完善的企業管理制度，或不完善或根本沒有，有的企業雖然各項規章制度齊全、財務制度健全，但在執行中形同虛設，沒有得到真正的實施。一些企業經營者雖然看到這個問題的重要性，但是因為企業小，覺得時機還不是很好，有的則是“心有余而力不足”，現有的管理人員素質無法到達建立完善制度的程度，制度不健全對企業的損害是顯而易見的，給企業帶來了一些負面的作用，不僅造成內部管理混亂，造成企業資產流失，人員流失，會計失真，無法為經營者決策提供依據和參考，損害了企業的根本利益;而且也對外部管理和監督帶來了很多困難。由于一些中小企業的管理者經常干預會計工作，會計很難獨立的處理會計問題，而是受制于老板，按照經營者的意圖調整會計，無法真正發揮會計的監督作用。