高新技術企業的認定程序有五個環節，包括自我評估、登記、材料的準備和提交、審查和認定的組織、公示和頒發證書。申請人應完成前三項，其中材料準備是最重要的。工作指南的第二（3）部分列出了需要提交的材料類型，包括認可申請，兩份鑒證報告（最近三個會計年度的研發費用鑒證報告、最近三個會計年度的財務報表鑒證報告，包括資產負債表、利潤及利潤分配表和現金流量表）（實際使用年限不足三年的，按實際經營使用年限計算），審計報告（最近一個會計年度高新技術產品（服務）收入專項審計報告）和技術創新活動的支持材料

根據《工作指引》的規定，《高新技術企業申請認定申請表》分為五種形式：企業基本信息表、，企業研發項目表、上年度高新技術產品（服務）表、近三年取得的自主知識產權匯總表、企業年度研發成本結構明細表，填寫時應注意所有財務數據均來自專項審計報告，應與鑒證報告和審計報告完全一致。以企業基本信息的形式填寫的“近三年取得的自主知識產權數量”一欄的內容，應當與技術創新活動的支持材料相對應并完全一致；在“人力資源”一欄中，應注意兩個比例要求，即大專以上學歷的科技人員占當年員工總數的30%以上，研發人員占員工總數的10%以上；其他文字描述的內容大多以數據描述，較少華麗的文字和句子，并注重簡潔和全面

在高新技術企業認定申請中，研發費用的收集和核算是一項基礎性和重要的工作。這不僅關系到申請能否通過，還關系到企業所得稅計算中技術開發費用的增減，對企業利益有很大影響。提醒企業注意以下幾個方面：

提示1：企業可以考慮在“管理費用”明細賬下設置“研發費用”明細賬，并根據每個“研發項目”核算“內部研發投資”和“委托外部研發投資”。以這種方式產生的所有研發費用都反映在一個賬戶中，準備申請和鑒定材料時需要做的工作是日常事務。它不僅可以方便注冊會計師在申請確認時進行審計和驗證，還可以方便在計算應納稅所得額時增加和扣除技術開發費。也便于主管稅務機關進行審計。填寫企業年度研發成本結構明細表時，只需復印注冊會計師審計報告

提示2：企業應有專門的科研人員名冊，便于申請認可時核對科研人員比例；另一方面，它便于在成本收集中相互通信。企業應當與科研人員簽訂勞動合同，繳納社會保險。強調企業科技人員的工作時間不得少于半年（183天）。支付科研人員人工成本時，可考慮集中制表，并與勞動合同一致

提示3：研發后的設備折舊和無形資產攤銷可直接計算。企業可以根據批準的研發項目立項報告，將“固定資產”和“無形資產”的管理部門調整給研發機構，以便正確計算折舊和攤銷金額。

提示4：設計（規劃）成本和設備調試成本應有法律依據。這些費用往往發生在企業內部，沒有許多外部原始憑證，事后很難收集和核實，如設備調試數量、每次用電量和相關技術工人的勞動力。因此，企業應按照內部會計的要求做好原始記錄和憑證，及時辦理審批手續，逐月結算入帳。

提示5：委托外部研發費用時，要注意項目成果，密切與企業主營業務的關系，這些都是衡量外部研發費用是否可以包括在內的重要因素。簽訂委托合同時，應特別注明。此外，所有發生的外部研發費用在申請確認時只能按80%計算，但在計算加計和減計時沒有限制

盡管《高新技術企業認定辦法》規定高新技術企業的認定不經過主管稅務機關，企業仍應注意與主管稅務機關溝通，及時了解和掌握當地有關認定的具體規定。企業取得高新技術企業資格后，應當及時將證書通知主管稅務機關，不得在申報企業所得稅時取出。免稅、減稅條件發生變化的，應當在15日內報告；如果你不符合條件，主動納稅以避免被追繳，承擔滯納金并留下不良記錄