1、主體之間的不平等：企業、單位相對與勞動者之間存在著不同程序的權利不平等因素。

2、建立關系的合同的表現形式不同：人事爭議與工作人員之間是聘用合同關系，解決的是“事業單位與其工作人員之間因辭職、辭退及履行聘用合同所發生的爭議”;勞動爭議之間是勞動合同關系，解決的是“因企業開除、除名、辭退職工和職工辭職、自動離職;因執行國家有關工資、保險、福利、培訓、勞動保護的規定;因履行勞動合同發生的爭議以及法律、法規規定應當依照本條例處理的其他勞動爭議。”值得注意的是，不論那類合同，凡是因履行合同發生的爭議范圍所包容的爭議事項都是非常寬的，故有法官認為“以履行聘用合同發生的爭議來界定人事爭議范圍太大”。

3、國家實現管理職能的主體以及管理關系不同：人事關系是國家人事行政管理機關對國家機關、事業單位以及工作人員之間存在的是一種具有直接利害關系的行政法律關系。勞動關系是國家勞動行政管理機關監督各類企業執行國家勞動法律法規，從而實現以保護勞動者合法權益為主的一種非直接利害關系的監督關系。國家勞動行政管理機關與、各類企業、勞動者之間不具有直接的行政法律關系。

4、由于我國多年的體制，凡屬于人事部門下達人事編制、受其管理的是干部;凡屬于勞動部門職能范圍內的單位的職工均為工人。

5、在我國實行勞動制度改革，逐步過渡到全員勞動合同制近20年后的現代企業組織中，一般情形下沒有干部身份的人員存在，企業與職工之間是完全的勞動合同關系，即勞動用工關系。發生勞動爭議只能到勞動爭議仲裁委申訴。而事業單位中的人員情形就比企業復雜得多，其中有國家事業單位干部(具有人事編制的人員)、有聘用制干部(有稱合同制干部，社保機構認為，這類干部應當與工人一樣參加養老保險，實質上就是工人，類似于國營企業改革前的以工代干的情形。但聘用制干部仍是人事部門下達了編制的人員)、有事業單位聘用人員、社會聘用人員、固定工、臨時工等類別，這些人員與事業單位之間的關系由不同的合同關系所聯系，其工資待遇、分配制度也有所不同，這也產生了不同的用人法律關系。發生爭議后，一般是具有人事編制的人員方可到人事爭議仲裁委進行申訴(但目前已不是單一的這種情形)，其他人員應作為勞動合同關系或視為勞動合同關系到勞動爭議仲裁委申訴。

6、目前事業單位的界線已逐漸變得模糊與不清晰，部分非國家正式事業單位享受事業單位待遇或模式經營的如民辦學校，或稱民辦非企業單位如駕校、民辦科研機構，中介機構如律師事務所(筆者注：目前稅務、社保機構將律師歸入私營企業類管理對待)。一般事業單位由民政部門核準頒發《事業單位法人》證照，而原作為事業單位的律師事務所則一直由司法行政機關核發《律師事務所執業許可證》，而無《事業單位法人》證照，但組織機構代碼證上原屬于事業單位，現已不屬此列。可以這樣認定凡持有《事業單位法人》證照的單位均系事業單位，只是這些事業單位中的所有制形式存在不同，如學校事業單位，對全民所有制學校一般稱為“公辦學校”，而非全民所有制的學校一般稱“民辦學校”，或“社會力量辦學”。而企業均應由國家工商行政部門核準頒證根本不存在這類問題，只是依照《公司法》設立的稱之為“公司”，相對，一般工廠、經濟組織則稱之為“企業”。

7、勞動爭議解決的是由勞動法律所調整的社會勞動關系。而人事爭議解決的是人事政策文件所調整的社會關系上的部分人事用人及其他關系。在事業單位中存在著內部行政處分爭議，而企業中一般表現為勞動關系，而不表現為企業內部行政關系。

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