1、主體之間的不平等：企業(yè)、單位相對與勞動者之間存在著不同程序的權(quán)利不平等因素。

2、建立關(guān)系的合同的表現(xiàn)形式不同：人事爭議與工作人員之間是聘用合同關(guān)系，解決的是“事業(yè)單位與其工作人員之間因辭職、辭退及履行聘用合同所發(fā)生的爭議”;勞動爭議之間是勞動合同關(guān)系，解決的是“因企業(yè)開除、除名、辭退職工和職工辭職、自動離職;因執(zhí)行國家有關(guān)工資、保險(xiǎn)、福利、培訓(xùn)、勞動保護(hù)的規(guī)定;因履行勞動合同發(fā)生的爭議以及法律、法規(guī)規(guī)定應(yīng)當(dāng)依照本條例處理的其他勞動爭議。”

值得注意的是，不論那類合同，凡是因履行合同發(fā)生的爭議范圍所包容的爭議事項(xiàng)都是非常寬的，故有法官認(rèn)為“以履行聘用合同發(fā)生的爭議來界定人事爭議范圍太大”。

3、國家實(shí)現(xiàn)管理職能的主體以及管理關(guān)系不同：人事關(guān)系是國家人事行政管理機(jī)關(guān)對國家機(jī)關(guān)、事業(yè)單位以及工作人員之間存在的是一種具有直接利害關(guān)系的行政法律關(guān)系。勞動關(guān)系是國家勞動行政管理機(jī)關(guān)監(jiān)督各類企業(yè)執(zhí)行國家勞動法律法規(guī)，從而實(shí)現(xiàn)以保護(hù)勞動者合法權(quán)益為主的一種非直接利害關(guān)系的監(jiān)督關(guān)系。國家勞動行政管理機(jī)關(guān)與、各類企業(yè)、勞動者之間不具有直接的行政法律關(guān)系。

4、由于我國多年的體制，凡屬于人事部門下達(dá)人事編制、受其管理的是干部;凡屬于勞動部門職能范圍內(nèi)的單位的職工均為工人。

5、在我國實(shí)行勞動制度改革，逐步過渡到全員勞動合同制近20年后的現(xiàn)代企業(yè)組織中，一般情形下沒有干部身份的人員存在，企業(yè)與職工之間是完全的勞動合同關(guān)系，即勞動用工關(guān)系。

發(fā)生勞動爭議只能到勞動爭議仲裁委申訴。而事業(yè)單位中的人員情形就比企業(yè)復(fù)雜得多，其中有國家事業(yè)單位干部(具有人事編制的人員)、有聘用制干部(有稱合同制干部，社保機(jī)構(gòu)認(rèn)為，這類干部應(yīng)當(dāng)與工人一樣參加養(yǎng)老保險(xiǎn)，實(shí)質(zhì)上就是工人，類似于國營企業(yè)改革前的以工代干的情形。但聘用制干部仍是人事部門下達(dá)了編制的人員)、有事業(yè)單位聘用人員、社會聘用人員、固定工、臨時(shí)工等類別，這些人員與事業(yè)單位之間的關(guān)系由不同的合同關(guān)系所聯(lián)系，其工資待遇、分配制度也有所不同，這也產(chǎn)生了不同的用人法律關(guān)系。

發(fā)生爭議后，一般是具有人事編制的人員方可到人事爭議仲裁委進(jìn)行申訴(但目前已不是單一的這種情形)，其他人員應(yīng)作為勞動合同關(guān)系或視為勞動合同關(guān)系到勞動爭議仲裁委申訴。

6、勞動爭議解決的是由勞動法律所調(diào)整的社會勞動關(guān)系。而人事爭議解決的是人事政策文件所調(diào)整的社會關(guān)系上的部分人事用人及其他關(guān)系。在事業(yè)單位中存在著內(nèi)部行政處分爭議，而企業(yè)中一般表現(xiàn)為勞動關(guān)系，而不表現(xiàn)為企業(yè)內(nèi)部行政關(guān)系。