菲律賓保障措施主管機關(guān)是貿(mào)易和工業(yè)部秘書處;涉及農(nóng)產(chǎn)品保障措施的主管機關(guān)為農(nóng)業(yè)部秘書處(上述機構(gòu)簡稱秘書處)。秘書處作為保障措施主管機關(guān)除主管保障措施工作外還承擔(dān)有關(guān)保障措施的咨詢、指導(dǎo)和技術(shù)支持等方面的工作。另外菲律賓關(guān)稅委員會執(zhí)行保障措施的正式調(diào)查。根據(jù)菲律賓保障措施法及其實施規(guī)則，菲律賓保障措施調(diào)查的分工及程序主要有幾個方面，包括一般保障措施的發(fā)起、初裁決定和臨時保障措施、正式調(diào)查和產(chǎn)業(yè)損害裁定、最終措施決定和最終保障措施。

一、一般保障措施的發(fā)起

菲律賓一般保障措施的發(fā)起有幾個途徑：(1)根據(jù)申請人的申請而發(fā)起;(2)根據(jù)總統(tǒng)的請求而發(fā)起;(3)根據(jù)上議院或下議院農(nóng)業(yè)委員會或貿(mào)易商業(yè)委員會的決議而發(fā)起;(4)如果沒有申請，但有證據(jù)證明某種產(chǎn)品的進(jìn)口構(gòu)成國內(nèi)產(chǎn)業(yè)受到嚴(yán)重?fù)p害或嚴(yán)重?fù)p害威脅的實質(zhì)原因時，秘書處也可以自行發(fā)起保障措施調(diào)查。

菲律賓任何自然人或法人，如果能夠代表國內(nèi)產(chǎn)業(yè)都可以向秘書處提出保障措施調(diào)查書面申請，請求采取措施以補救國內(nèi)產(chǎn)業(yè)因進(jìn)口增加所受到的嚴(yán)重?fù)p害，或阻止嚴(yán)重?fù)p害威脅的發(fā)生。申請人在提交書面申請時應(yīng)同時提交國內(nèi)相似或直接競爭產(chǎn)品的進(jìn)口產(chǎn)品的進(jìn)口數(shù)量增加、國內(nèi)產(chǎn)業(yè)陷入嚴(yán)重?fù)p害境況或面臨嚴(yán)重?fù)p害威脅、產(chǎn)品進(jìn)口數(shù)量增加和國內(nèi)產(chǎn)業(yè)損害之間存在因果關(guān)系的證據(jù)。申請人提出保障措施調(diào)查申請的同時尋求臨時保障措施的，申請人應(yīng)當(dāng)說明存在實施臨時保障措施的緊急情況及其相關(guān)信息，包括：請求實施臨時保障措施的聲明、繼續(xù)進(jìn)口在后續(xù)60天內(nèi)給國內(nèi)產(chǎn)業(yè)造成的影響、請求采取臨時保障措施的措施形式和內(nèi)容，包括所尋求提高關(guān)稅的類型和提高幅度。保障措施的書面申請應(yīng)當(dāng)在貿(mào)易和工業(yè)部秘書處進(jìn)行登記，涉及農(nóng)業(yè)產(chǎn)品的應(yīng)當(dāng)在農(nóng)業(yè)部秘書處進(jìn)行登記。