(一)主體之間的關系不同

我國行政復議有“條條管轄”和“條塊管轄”之分，但無論何種復議方式，被申請人與復議機關都是領導(指導)與被領導(被指導)的關系，主體之間的行政地位一般是不平等的(省部級“自我管轄”的除外)。

反觀專利復審制度，專利局與專利評委均是國家工商總局的司局級內設機構，不存在領導(指導)與被領導(被指導)的關系，二者屬于平級單位。

(二)提出的方式不同

《行政復議法》第11條規定，行政復議既可書面提出，也可口頭提出。口頭提出的，復議機關應當記錄申請人基本情況、復議請求、主要事實、理由和時間等事項。專利復審中未見有可口頭提出的規定，實踐中也需采用書面形式，具有“要式性”。

(三)審理范圍不同

雖然專利復審和行政復議都屬于全面審查，但行政復議是對具體行政行為合法性和合理性的審查，專利復審是對專利的可注冊性和可維持性的審查，是對爭議本身的審查，并不對專利局的決定作出評述。同時，《行政復議法》第29條規定，申請人在申請行政復議時可以一并提出行政賠償請求，行政復議機關在符合國家賠償規定時，在作出復議決定時應當同時決定對被申請人給予賠償，商評委則沒有受理賠償申請的職權。

(四)可否附帶審查不同

根據《行政復議法》第7條，申請人在提出行政復議時可以同時請求對行政機關做出具體行政行為所依據的規范性文件進行附帶審查，除國務院部委規章和地方政府規章外的其他規范性文件都屬于可附帶審查范圍。商評委則沒有“附帶審查”的職權。

(五)審理期限不同

《行政復議法》第31條規定作出復議決定的期間是受理申請后60日，法律可以作更短的規定(但不可做更長的規定)。特殊情況下需要延長的，經復議機關負責人批準，可以延長30日。換言之，行政復議的期限以90天為限。相比之下，專利復審的期限要長得多，如駁回復審和撤銷復審的審理期限是9個月，經國家工商總局批準，還可以延長3個月。不予注冊復審的審理期限為12個月，經批準后還可以延長6個月。

(六)處理方式不同

根據《行政復議法》第28條規定，復議機關可以根據具體行政行為在事實認定和法律適用方面的具體情況而定，分別作出維持、撤銷、變更、確認行政行為違法的復議決定，對因行政機關不作為而申請復議的案件，還可以作出限期履行決定。

比較而言，專利復審案件的處理方式單一得多，以駁回復審為例：商評委只能作出駁回決定(不同于“維持”決定)或(部分)初審決定(不同于“撤銷”決定)，無法作出“確認違法”決定。且申請人申請復審正是由于對專利局審查決定的不服，商評委也不存在作出“履行決定”的事實基礎。

(七)“復議期間”對原行為處理方式不同

行政復議中原則上不停止原決定的執行(原決定保持有效，除非被撤銷或改變)。而專利復審期間原決定并未生效。不僅如此，由于專利復審后商評委將重新做出了一個審查決定，若不進入行政訴訟，后期也是對商評委決定的執行，不會回過頭去執行專利局決定。也即，一旦復審就意味著專利局的決定將不發生效力。

(八)行政訴訟時被告不同

專利復審中無論是作出何種決定，提起行政訴訟的被告都是商評委。

行政復議中訴訟的被告需視具體情況而定：復議維持案件中，原作出具體行政行為的機關和復議機關為共同被告;復議改變的，復議機關單獨作被告;復議機關不作為的，當事人可選擇原機關或復議機關作被告(選擇告)。

(九)起訴的期間不同

根據《行政訴訟法》第45條規定，除“復議終局”的案件外，經過行政復議后提起行政訴訟的期間是收到復議決定之日起15日，法律可作出例外規定。

專利復審是進入行政訴訟的前提，可以視為是《專利法》規定的“復議前置”，而《專利法》規定的起訴期間為收到通知之日起的30日內。《專利法》是全國人大常委會制定的法律，有權作出例外規定。