1、加大了合伙交易相對人的風險

特殊普通合伙企業賦予無過錯合伙人承擔有限責任，割斷了合伙人之間的無限連帶責任，使有限責任合伙人的個人財產與合伙共同經營管理的財產相分離，實際上縮小了向合伙債權人承擔債務責任財產的范疇。這就將部分本來應由合伙人承擔的經營風險轉嫁給了債權人。正因為如此，我國《合伙企業法》第56條才要求特殊普通合伙企業名稱中應當標明“特殊普通合伙”字樣，以向交易相對人警示風險。違反者，由企業登記機關責令限期改正。另外，在與合伙交易時，它使交易相對人關于交易風險的評估由統一的標準變為多個指標。在普通合伙的情況下，由于合伙人承擔無限連帶責任，相對人只須關注合伙人的個人財產及信譽，即可;而在特殊普通合伙的情形下，相對人既要區分哪些人是無限責任合伙人，哪些人是有限責任合伙人，又要考察合伙是否提供了足額的替代責任資源，以及合伙人的個人財產狀況。這無疑會加大交易相對人的成本。為了防止特殊普通合伙企業與債權人風險分擔方面，可能出現的失衡現象，加利福尼亞州的法律規定，合伙不能償付到期債務時，或合伙的資產額不能償付應當償付的合伙內優先權時，不得進行紅利分派。英國《有限責任合伙法》規定：“如果在清算前兩年內，合伙成員提款時知道合伙已無法清償到期債務，或者預見到合伙在自己單獨提款或與其他成員一起提款后變得無清償能力，則清算人可以行使資產取回權。”我國有學者主張，特殊普通合伙企業“一方面有利于促進這些職業的健康發展，另一方面也不過多損害利害關系人的利益。”甚至有學者主張，對特殊普通合伙企業中的有限責任合伙人的出資類型應加以限制，并設置出資最低限額的限制。

2、增加了司法審判成本

由于在特殊普通合伙企業的立法中，無論是無限連帶責任或是有限責任，法律并沒有直接分配給特定合伙人，而將其交給了法官在個案的審判過程中加以確定。這無形中加重了法官的負擔，法官在涉及有關特殊普通合伙的債權、債務糾紛時，除了甄別、采信證據進行事實判斷，確認責任外，并通過認定執業合伙人有無過錯，在我國還要求法官進一步劃分重大過失與非重大過失，以便區分合伙人之間承擔責任性質，即落實哪些合伙人應承擔有限責任，哪些合伙人必須承擔無限連帶責任。

3、利益沖突復雜化

特殊普通合伙企業這種制度的創新設計，不僅加劇了合伙人與債權人之間的利益沖突，而且會激發合伙人之間新的利益沖突。一方面，由于一部分合伙人獲得了割斷無限連帶責任的保護，加大了債權人的交易風險。為了控制和防范風險，在交易時債權人只得要求所有的合伙人都在相關的文件上簽字以便證明該行為處于其直接控制和監督之下，或者要求所有的合伙人出具對該項債務承擔連帶責任的保證書。交易變得復雜化，不僅拉長了完成交易的時間，降低了效率，而且會使交易成本上升。另外，合伙人之間因承擔責任性質，輕重有別，就會對合伙的某些事務產生利益分歧。例如，在合伙利益分派方面，那些受有限責任保護的合伙人傾向于更多、更高的利益分配;而那些須承擔無限連帶責任的合伙人則希望合伙維持較大財產額，以避免被追索直接個人責任。