目前的管轄權異議制度具有明顯的行政職權特征，在提出條件、處理程序、證據提出及質證、認證等方面都缺乏詳盡的規定，致使在司法實踐中出現了當事人濫用管轄權異議權利、訴訟過分遲延、處理程序不規范和當事人喪失自主決定權等問題，一方面妨礙了正常的訴訟活動，另一方面也招致了部分當事人的不滿。主要表現在：

(一)民事訴訟法第三十八條只規定了當事人可以在提交答辯狀期間提出管轄權異議，《訴訟費用交納辦法》規定管轄權異議不成立的每件交納50至100元，而至于異議的提出條件和相關證據材料等方面都未作要求，正因為提出管轄權異議的門檻過低，且成本微乎其微，導致了司法實踐中管轄權異議申請無序的狀態。部分當事人很容易運用管轄異議權拖延訴訟進程，或者以提出管轄權異議來迫使原告接受不利的調解方案。甚至部分管轄權十分明晰的案件，當事人為達到拖延訴訟的目的，也提出管轄權異議，通過漫長的管轄權異議處理過程，遲滯原告權利的依法保護，甚至利用此期間轉移、變賣其可供執行的財產。

(二)異議處理程序不規范，導致人民法院審查程序無法可依，程序不夠透明。

按照人民法院的普遍做法，被告人申請管轄權異議都是直接向案件的承辦法官提出，由處理案件的審判組織—合議庭或者獨任審判員一并審查處理，二審則由立案庭負責審查處理。因為管轄權異議的審查處理程序缺少法律規范，有的法院采用書面審查，有的法院采用聽證審查，有的法院由法官調查取證，有的法院將舉證責任判歸當事人，甚至同一法院也有不同的做法，通過這些審查程序雖然最終處理了案件，但由于不夠統一規范，讓法官和當事人都無所適從。在實踐中，少數法院在當事人提出管轄權異議后，拒絕裁定，而是依職權將案件移送有管轄權的法院，致使部分當事人不滿，四處上訪告狀，甚至拒絕到有管轄權的法院立案訴訟，導致一些管轄權轉移的案件長期得不到處理解決。

(三)異議處理方式過于書面化，對證據的舉證、質證和認證沒有統一規范，致使部分案件的處理結果脫離實際，導致當事人的強烈不滿。

根據民事訴訟法第三十八條的規定，法院對當事人提出的異議應當審查，但是對審查的形式未予以明確。實踐中，往往在把管轄異議申請送達給原告后，僅僅依據雙方當事人提供的證據材料進行書面審查，而不是運用審理程序進行審理，甚至極少數法官不將管轄權異議書通知原告，就依職權進行了審查處理，致使最終結果與客觀實際相脫離。在管轄權異議案件的處理過程中，常常是只進行形式審查，相關證據材料根本不經舉證、質證和認證。異議處理方式的書面化和行政化，一方面違背了依證據審理案件的基本法理。法官在審理案件時應當給予雙方當事人充分的攻擊和辯論的機會，使原被告雙方提供的確定管轄的證據經歷必要的質證過程，然后再去偽存真，作出裁定。正因為如此，民事訴訟法第六十六條明確規定，證據應當在法庭上出示，并由當事人互相質證。另一方面是為惡意規避管轄提供了方便之門。當事人可以利用法院審查不進行對立辯論和質證的特點，通過涂改和添加有關管轄的內容，或者通過其他一些非法手段偽造證據，騙取相關法院的管轄權。

(四)人民法院確定管轄過于職權化，忽視了當事人在管轄權異議案件中的訴訟權利。

在裁定異議成立后，法院依職權自行移送有管轄權的法院。當受移送的人民法院認為受移送的案件依照規定不屬于該院管轄時，報請上級法院指定管轄，上級法院指定由哪個法院審理的，該案最終就由指定的法院審理。在確定有管轄權的法院的過程中，相關法院的操作程序根本不考慮當事人選擇法院管轄的權利，原告不能積極參與異議解決程序。這就導致了在很多時候，最終的管轄法院與原被告的選擇或者與案件缺少關聯性，這導致了許多案件的訴訟成本增加，忽視了當事人在管轄權異議案件中的權利。