根據第十一屆全國人民代表大會第一次會議批準的國務院機構改革方案和《國務院關于機構設置的通知》(國發200811號)，設立環境保護部，為國務院組成部門。環境保護部的主要職責有：

(一)負責建立健全環境保護基本制度。擬訂并組織實施國家環境保護政策、規劃，起草法律法規草案，制定部門規章。組織編制環境功能區劃，組織制定各類環境保護標準、基準和技術規范，組織擬訂并監督實施重點區域、流域污染防治規劃和飲用水水源地環境保護規劃，按國家要求會同有關部門擬訂重點海域污染防治規劃，參與制訂國家主體功能區劃。

(二)負責重大環境問題的統籌協調和監督管理。牽頭協調重特大環境污染事故和生態破壞事件的調查處理，指導協調地方政府重特大突發環境事件的應急、預警工作，協調解決有關跨區域環境污染糾紛，統籌協調國家重點流域、區域、海域污染防治工作，指導、協調和監督海洋環境保護工作。

(三)承擔落實國家減排目標的責任。組織制定主要污染物排放總量控制和排污許可證制度并監督實施，提出實施總量控制的污染物名稱和控制指標，督查、督辦、核查各地污染物減排任務完成情況，實施環境保護目標責任制、總量減排考核并公布考核結果。

(四)負責提出環境保護領域固定資產投資規模和方向、國家財政性資金安排的意見，按國務院規定權限，審批、核準國家規劃內和年度計劃規模內固定資產投資項目，并配合有關部門做好組織實施和監督工作。參與指導和推動循環經濟和環保產業發展，參與應對氣候變化工作。

(五)承擔從源頭上預防、控制環境污染和環境破壞的責任。受國務院委托對重大經濟和技術政策、發展規劃以及重大經濟開發計劃進行環境影響評價，對涉及環境保護的法律法規草案提出有關環境影響方面的意見，按國家規定審批重大開發建設區域、項目環境影響評價文件。

(六)負責環境污染防治的監督管理。制定水體、大氣、土壤、噪聲、光、惡臭、固體廢物、化學品、機動車等的污染防治管理制度并組織實施，會同有關部門監督管理飲用水水源地環境保護工作，組織指導城鎮和農村的環境綜合整治工作。

(七)指導、協調、監督生態保護工作。擬訂生態保護規劃，組織評估生態環境質量狀況，監督對生態環境有影響的自然資源開發利用活動、重要生態環境建設和生態破壞恢復工作。指導、協調、監督各種類型的自然保護區、風景名勝區、森林公園的環境保護工作，協調和監督野生動植物保護、濕地環境保護、荒漠化防治工作。協調指導農村生態環境保護，監督生物技術環境安全，牽頭生物物種(含遺傳資源)工作，組織協調生物多樣性保護。

(八)負責核安全和輻射安全的監督管理。擬訂有關政策、規劃、標準，參與核事故應急處理，負責輻射環境事故應急處理工作。監督管理核設施安全、放射源安全，監督管理核設施、核技術應用、電磁輻射、伴有放射性礦產資源開發利用中的污染防治。對核材料的管制和民用核安全設備的設計、制造、安裝和無損檢驗活動實施監督管理。

(九)負責環境監測和信息發布。制定環境監測制度和規范，組織實施環境質量監測和污染源監督性監測。組織對環境質量狀況進行調查評估、預測預警，組織建設和管理國家環境監測網和全國環境信息網，建立和實行環境質量公告制度，統一發布國家環境綜合性報告和重大環境信息。

(十)開展環境保護科技工作，組織環境保護重大科學研究和技術工程示范，推動環境技術管理體系建設。

(十一)開展環境保護國際合作交流，研究提出國際環境合作中有關問題的建議，組織協調有關環境保護國際條約的履約工作，參與處理涉外環境保護事務。

(十二)組織、指導和協調環境保護宣傳教育工作，制定并組織實施環境保護宣傳教育綱要，開展生態文明建設和環境友好型社會建設的有關宣傳教育工作，推動社會公眾和社會組織參與環境保護。

(十三)承辦國務院交辦的其他事項。