近幾年，社會的發展，股權轉讓行為非常頻繁，但是很多股權轉讓者對股權轉讓稅收檢查方法與具體情況并不是很了解。律霸網站的小編就為您整理出一篇有關股權轉讓稅收檢查方法的有關文章，下面網友們可以跟隨小編一起來詳閱。

一、關于限售股解禁轉讓征收營業稅的滯納金加收問題

根據《國家稅務總局關于營改增試點若干征管問題的公告》(國家稅務總局2016年第53號)第十條規定：“本公告自2016年9月1日起施行，2016年5月1日前，納稅人發生本公告第二、五、六條規定的應稅行為，此前未處理的，比照本公告規定繳納營業稅”。對2016年5月1日前發生限售股解禁轉讓未繳納的營業稅依法追征，自2016年9月1日起加收滯納金。

二、關于對以不合理低價轉讓上市流通股進行調整的問題

對于交易雙方以協議方式轉讓上市流通股，價格僅為前一交易日收盤價的50%至70%的交易，應依法調整并征收營業稅及所得稅：

(一)屬于《征管法》第三十六條(第三十六條企業或者外國企業在中國境內設立的從事生產、經營的機構、場所與其關聯企業之間的業務往來，應當按照獨立企業之間的業務往來收取或者支付價款、費用;不按照獨立企業之間的業務往來收取或者支付價款、費用，而減少其應納稅的收入或者所得額的，稅務機關有權進行合理調整。)或《企業所得稅法》第四十一條(第四十一條企業與其關聯方之間的業務往來，不符合獨立交易原則而減少企業或者其關聯方應納稅收入或者所得額的，稅務機關有權按照合理方法調整。企業與其關聯方共同開發、受讓無形資產，或者共同提供、接受勞務發生的成本，在計算應納稅所得額時應當按照獨立交易原則進行分攤。)規定的情形，應按《征管法》及其細則和《企業所得稅法》及其條例的相關規定進行調整并征收營業稅及企業所得稅。

(二)屬于《征管法》第三十五條第六款((六)納稅人申報的計稅依據明顯偏低，又無正當理由的。)規定情形的，按以下規定進行調整并征收營業稅及企業所得稅：《征管法實施細則》第四十七條(第四十七條納稅人有稅收征管法第三十五條或者第三十七條所列情形之一的，稅務機關有權采用下列任何一種方法核定其應納稅額:

①參照當地同類行業或者類似行業中經營規模和收入水平相近的納稅人的稅負水平核定;

②按照營業收入或者成本加合理的費用和利潤的方法核定;

③按照耗用的原材料、燃料、動力等推算或者測算核定;

④按照其他合理方法核定。

采用前款所列一種方法不足以正確核定應納稅額時，可以同時采用兩種以上的方法核定。納稅人對稅務機關采取本條規定的方法核定的應納稅額有異議的，應當提供相關證據，經稅務機關認定后，調整應納稅額。)的規定;《企業所得稅核定征收辦法(試行)》(國稅發〔2008〕30號);《股權轉讓所得個人所得稅管理辦法(試行)》(國家稅務總局公告2014年第67號)。

(三)不合理的低價的判定及調整標準可參照《最高人民法院關于適用中華人民共和國合同法>若干問題的解釋(二)》(法釋〔2009〕]5號)第十九條第二款的規定：“轉讓價格達不到交易時交易地的指導價或者市場交易價70%的，一般可以視為明顯不合理的低價”，以及各地已完成的股權轉讓調整征稅的案例。

三、關于對個別地區違法實施核定征收問題的處理

檢查中發現有些地方政府為發展地方經濟，增加地方財政收入，引進投資類公司(多為上市公司或擬上市公司的控股股東)，自行與企業簽訂核定征收稅款的協議，如與企業協議的涉稅內容如下：按企業實際經營收入(含股權轉讓收入)核定征收5.6%的營業稅及附加，3%的企業所得稅，0.72%的個人所得稅。企業在取得減持股份收入后，按照與政府簽訂協議中確定的征收率自行申報繳納稅款。上述協議違反了《征管法》第三條的規定，以及《國家稅務總局關于企業所得稅核定征收有關問題的公告》(2012年第27號)關于投資類公司不得核定征收企業所得稅的規定，后果是導致企業少繳企業所得稅同時多繳營業稅。對地方政府和企業的上述違法行為要堅決依法糾正，對以上從事股票轉讓的企業按查賬征收方式計征企業所得稅，如涉及個人所得稅同時依法征收。

四、關于國資委控股企業間的股權無償劃撥適用政策的問題

《財政部 國家稅務總局關于促進企業重組有關企業所得稅處理問題的通知》(財稅〔2014〕109號)第三條規定：對100%直接控制的居民企業之間，以及受同一或相同多家居民企業100%直接控制的居民企業之間按賬面凈值劃轉股權或資產，凡具有合理商業目的、不以減少、免除或者推遲繳納稅款為主要目的，股權或資產劃轉后連續12個月內不改變被劃轉股權或資產原來實質性經營活動，且劃出方企業和劃入方企業均未在會計上確認損益的，可以適用特殊性稅務處理。因國資委并不是企業，國資委100%控股企業間的股權無償劃撥的情況，不適用這一政策。

五、關于代持股票的納稅主體確定問題

對于企業代個人持股的所得稅征收，《國家稅務總局關于企業轉讓上市公司限售股有關所得稅問題的公告》(2011年第39號)第二條有明確規定：“因股權分置改革造成原由個人出資而由企業代持有的限售股……企業轉讓上述限售股取得的收入，應作為企業應稅收入計算納稅”。對代持股票轉讓的營業稅征收以及企業之間代持股票轉讓的企業所得稅征收，應按其法定形式確認納稅主體，以代持方為納稅人征收營業稅及所得稅，如委托方已將收到的轉讓款繳納了營業稅及所得稅，且兩方所得稅又無實際稅負差別的，可以不再向代持方追征稅款。

有關股權轉讓稅收檢查方法小編就給大家介紹到這里。此篇文章已經詳細表明出：股權轉讓稅收檢查方法與詳細情況，并且也揭示了股權轉讓中比較常見的稅務風險。如果您還有什么不解的地方，可以與律霸網站的專業律師為您解答疑惑，歡迎您的來電!

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