一、知識結構不同

司法會計鑒定人與注冊會計師在知識結構方面不同。根據我國3個訴訟法，即刑事訴訟法、民事訴訟法和行政訴訟法的規定，司法會計鑒定是一種訴訟活動。

第一，刑事、民事、行政三類案件進入訴訟程序后才有司法鑒定活動;第二，司法會計鑒定過程中可能會根據需要對當事人詢問、調查;第三，出具鑒定報告后可能出庭質證或接受法官的認證。

由此可見，司法會計鑒定人不僅應具有淵博的會計學、審計學知識，還必須具備一定的法律知識，特別應懂得訴訟法和相關的法律。如合同糾紛的鑒定，應懂得民事訴訟法和經濟合同法;對擔保借款糾紛的鑒定，應懂得民事訴訟法和擔保法等。司法會計鑒定人不是法官，不能判決當事人是否有罪或是否有過錯，但因為參與了訴訟的過程，就必須懂法和守法，這樣才能切實履行司法鑒定人的職責，獨立、客觀、公正、科學地進行鑒定，為司法公正做出自己應有的貢獻。

毫無疑問，注冊會計師必須具有淵博的會計學、審計學知識，同時也應具有一定的法律知識，但主要是應具備稅法、經濟法知識，而對于訴訟法和鑒定活動涉及的相關法律知識則不必強求了。司法會計鑒定人應具有的法律知識從總量上來說應比注冊會計師多，而且從結構上來說還有一些側重點。

二、所起作用不同

司法會計鑒定是借助財會技術和專門知識，解決與案件有關的某些專門問題的主要手段，它在訴訟活動中起著其它手段不可替代的特殊作用。具體來說，一是為查明事實提供依據，為進一步的調查提供線索;二是為案件的審理提供證據;三是為審查、核實其他證據提供依據。

注冊會計師審計通常是以第三者的身份對會計報表的合法性、公允性、一貫性發表意見，為管理當局或社會公眾判斷會計報表的可信度提供證明。如上市公司公布的招股說明書中，包括會計師事務所對其會計報表審計后的審計報告。

三、對象和范圍不同

司法會計鑒定的對象和范圍通常是與案件直接相關的會計憑證、會計賬簿和會計報表以及其他資料。如某債務糾紛案件鑒定，其鑒定對象和范圍僅限于與債務發生和歸還有關的原始憑證、記賬憑證和有關總賬、明細賬，以及借款合同等，而不涉及其他會計資料。

而注冊會計師審計，通常是對一個單位的會計報表進行審計，其范圍涉及所審計年度內的全部會計憑證、會計賬簿和會計報表以及有關資料。前者的對象和范圍是特定的，而后者范圍較廣。

四、采用的技術不同

司法會計鑒定除了要采用與注冊會計師審計相同的一般會計技術和審計方法外，還要以資金運行的規律性、財務關系的相對穩定性、會計核算的特定性和會計核算的相對穩定性為科學依據，采用比對鑒別法和平衡分析法等方法，通過查賬和財產清查與估價，對與案件有關的財務事實做出科學的判斷。

以平衡分析法為例，它是指根據資金或數據的量的平衡關系，通過驗證平衡，推導并確認某項資金或數據客觀情況的會計鑒定方法。此外，還要根據具體情況運用因素遞增法、范圍限定法、排因法、還原法等會計鑒定方法。

而注冊會計師審計運用較多的抽樣審計法，卻一般不能運用于司法會計鑒定。由此說明，司法會計鑒定與注冊會計師審計所運用的專業技術方法是不完全相同的。

五、搜集和鑒別證據不同

司法會計鑒定結論本身在訴訟活動中是一種特殊的證據，而搜集并鑒別形成鑒定結論的有關原始憑證、賬簿記錄等證據顯得十分必要。這些證據不僅要作為鑒定人的工作底稿，而且應附在鑒定報告之后，以備出庭質證和法官認證時用。注冊會計師審計往往也需要搜集一些證據，如銀行對賬單、借款合同等，但不需要大量搜集，更不必附在審計報告之后，只作工作底稿保存。兩者比較，司法會計鑒定更強調搜集并鑒別原始憑證等證據。

六、報告類型和格式不同

司法會計鑒定和注冊會計師審計的結果都要出具報告，但報告類型和格式有很大區別。司法會計鑒定目前雖無統一的報告類型和格式，但一般都是明確表達鑒定結論的肯定性意見類型，無其他類型。而注冊會計師的審計報告有：無保留意見、保留意見、否定意見和無法表示意見4種類型。關于報告的格式，司法會計鑒定目前無統一的格式。而注冊會計師出具的審計報告由中國注冊會計師協會統一規定為標題、范圍段、管理層及注冊會計師的責任、審計意見和按照相關法律法規的要求報告的事項。

七、承擔法律責任不同

司法會計鑒定機構和鑒定人的法律責任各國有不同的規定。

我國現行的3部訴訟法只有刑事訴訟法第120條規定了“鑒定人故意做虛假鑒定的，應當承擔法律責任。”而民事訴訟法和行政訴訟法只對鑒定機構和鑒定人規定了權利，而未規定相應的義務，更未規定因鑒定結論的錯誤而導致當事人敗訴造成的損失承擔民事責任或行政責任。

注冊會計師審計，出具虛假審計報告或有其它違法行為，有關法律規定，會計師事務所和注冊會計師要承擔刑事責任、民事責任和行政責任。目前在我國，司法會計鑒定機構和鑒定人承擔的法律責任比起會計師事務所和注冊會計師來說相對輕一些，但隨著法制建設的加強，這種狀況會逐漸改變。

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