電算化賬務系統中除了象手工賬務一樣要使用會計科目外，還要為每一個會計科目加入一個編碼。會計科目編碼通常用阿拉伯數字編制，采用群碼的編碼方式即分段組合編碼，從左到右分成數段，每一段設有固定的位數表示不同層次的會計科目。如第一段表示總賬科目，第二段表示二級明細科目，第三段表示三級明細科目。

在設定科目編碼時需要重點注意以下問題：

(一)系統性

財政部已制定的各行業會計制度中都系統地給出了總賬科目及少量二級科目的名稱和科目編碼。在設定總賬科目編碼時必須符合財政部門制定的會計制度中的有關規定，設立明細科目編碼除會計制度有規定的以外，可按上級主管部門和本單位的管理要求設定，以保證科目代碼的系統性和統一性。

(二)一義性

要保證每一個代碼對應于一個會計科目，既不允許出現重復的科目編碼又不允許出現同名的會計科目，但如果同名的明細科目分屬不同的上級科目，則可以被系統接受而不認為是同名的會計科目。

(三)簡潔性

在滿足管理要求和適合計算機處理的的前提下，力求代碼簡單明了、位數越短越好，既便于記憶又能提高輸入憑證的速度。

(四)可擴展性

會計科目體系一經設定，其代碼結構就無法改變。修改結構只能通過重新建賬實現，而重新建賬將丟失已輸入的所有初始化數據和已輸入的憑證資料。因此在設計代碼時一定要充分考慮各方面的要求。總賬科目編碼長度由所選會計制度來決定通常為3～4位，而確定某一級明細科目的代碼長度通常是以上級科目中所含明細科目最大可能達到的個數來確定的，以二級明細科目為例，總賬科目為其上級科目，銀行存款、應收賬款、銷售收入、管理費用等總賬科目都有二級明細科目，銀行存款通常以開戶銀行及賬號為明細科目，少則二三個，多則二三十個，銷售收入、管理費用等科目下設的二級明細科目一般都不會超過九十九個，兩位長的代碼應能滿足以后添加同級科目的需求，而應收賬款等往來科目通常以客戶或單位為來設置明細科目，明細科目的數量不同單位差異很大，少則幾十個，多則成百上千，兩位碼長難以滿足要求，要增至三位甚至更長，由于同級科目必須使用等長的科目編碼，其他總賬科目下的二級科目也要使用三位或更長的科目編碼。如果設定的分段代碼位數較長而絕大多數上級科目所包含的明細科目個數不多時，其他科目的憑證輸入速度勢必會受到影響，與簡潔性相矛盾。為了解決這一矛盾，可將明細科目先分類，按分類設置二級科目，然后再設置下級明細科目，如應收賬款總賬科目下先按客戶所屬地區分類，設置二級明細科目，然后再按客戶名設置三級明細科目。更理想的解決方案是應用往來客戶輔助核算，目前的商品化會計軟件通常都提供了這一功能。因輔助核算中的項目代碼與會計科目的代碼完全獨立，自成體系，項目代碼只與其關聯會計科目如前述應收賬款等往來科目相關，不影響其他科目的代碼設定，與科目代碼的位數無關，非常便于擴充。如選用了輔助核算功能，在科目代碼設置之后，還要設置輔助項目代碼及名稱。如果單位的會計業務，特別是貨幣資金涉及外幣，在建立科目體系時還要將外幣考慮進去。會計軟件中提供了復幣核算的功能，在系統初始化時必須將外幣資料輸入系統，這些資料包括：外幣代碼、外幣名稱、與本位幣的匯率等。

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