仲裁協議的獨立性，或稱仲裁協議的獨立原則，是指這樣一種情況：仲裁協議-主要是合同中的仲裁條款，與合同應被看作是兩個不同的單獨的協議，仲裁條款獨立于合同的其它條款而存在，不因合同其它條款的無效而無效，也不因合同本身的存在與否受到任何影響。這通常稱作仲裁協議或仲裁條款的可分割性或自主性理論。

仲裁條款的訂立會產生這樣兩個結果：1、由于仲裁條款被看作是與主合同或基礎合同完全不同的兩個單獨的協議，具有獨立的性質，在主合同或基礎合同被確認無效的情況下，仲裁條款可以獨立于主合同或基礎合同而單獨存在。甚至在主合同或基礎合同不存在的情況下，仲裁條款依然可以存在。

2、既然仲裁條款獨立于主合同或基礎合同而獨立存在，那么仲裁條款與主合同或基礎合同可能會受不同的法律調整。尤其在國際仲裁活動中。

仲裁協議獨立性既是理論問題又是實踐問題。在提請仲裁的事項中，有些案件涉及主合同無效.如果按照一般的推理，主合同無效，主合同中的某一具體條款也就當然無效。但是在訂有仲裁條款的情況下，仲裁庭卻可以依據仲裁條款對合同的無效問題進行審理，并作出主合同有效或者無效的裁決。我國《仲裁法》第十九條已明確規定：“仲裁協議獨立存在，合同的變更、解除、終止或者無效，不影響仲裁協議的效力。仲裁庭有權確認合同的效力。”說明我國在立法中已經接受了仲裁條款獨立原則。但在實踐中，常常出現這方面的問題。例如無法人資格的法人分支機構對外簽訂合同，遇有糾紛提起仲裁時，仲裁庭是否有權受理、裁決該類案件，仲裁庭受理并作出裁決后，人民法院能否應一方當事人的申請，對這類案件作出仲裁庭無權受理的撤銷裁定或裁定不予執行?

在理論研究方面，仲裁協議的獨立性涉及對仲裁協議性質的認識，仲裁協議與主合同的關系等一系列問題。

仲裁協議獨立性或稱獨立原則，在涉及不同的法律關系和不同的案件情況時，表現出相當復雜的特性，有必要對此進行分析，以便進一步研究。

1、主合同無效情況下仲裁條款的獨立性

傳統的觀點認為，仲裁協議也屬于一種合同，而且是次合同性質。仲裁條款是含有該條款的主合同的不可分的一部分，主合同無效，合同中的仲裁條款也理應無效。因為有效合同是仲裁條款的基礎。按照這種觀點，如果在提起仲裁申請后的抗辯中主張主合同無效，仲裁員的管轄權就成為問題。這對于希望避開仲裁程序的一方當事人來說，只要提出合同無效的異議，就可輕而易舉地達到目的。但在仲裁協議獨立原則下，仲裁庭、仲裁員卻可以不理會這方面的異議，就案件的實質問題進行審理，包括對主合同是否有效的問題進行審理，并最終作出裁決。

但是在訂立合同的主體不合格的情況下，情況就更為復雜。例如主體是不具有民事行為能力的人，不具有簽訂合同的能力，也就不具有簽訂合同中某一條款的能力。這種情況下，其于簽訂合同和合同中的仲裁條款時均不具有行為能力，不能依據仲裁條款獨立原則確立仲裁庭對主合同是否有效問題的審理權。而在不具備法人資格的法人下屬機構對外簽訂的合同中訂有仲裁條款的情況下，仲裁庭卻可以對主合同是否有效的問題進行審理，包括裁決由法人承擔其下屬機構的責任。因為法人的下屬機構雖無資格簽訂合同，但在意思表示上不存在障礙，這與自然人無行為能力的情況不同。為保護相對人的利益，應由有責任能力的法人承擔其下屬機構的責任，合同中的仲裁條款視為獨立存在。

在我國還有一種學說認為仲裁條款是否有效依賴于主合同變為無效的時間。如果合同在簽訂時有效，只是后來由于某種原因成為無效，仲裁條款的有效性就不會因此而受到影響;但是如果主合同自始無效，則仲裁條款就不可能有效地存在。對此種學說持反對意見的則認為，主合同是否無效以及主合同無效的時間，關系到雙方當事人的重要權益，是只有經過仲裁的審理才可能最后確定的，如果不賦予仲裁庭依仲裁條款獨立性而取得的對案件的審理權，如何能夠確定主合同無效的時間?

2、主合同不存在情況下仲裁條款的獨立性

在主合同可能不存在的情況下，仲裁條款是否還能夠獨立存在，是爭議更大的一個問題。按照一般的推理，倘若主合同從來沒有有效訂立過，仲裁條款是否獨立于其他合同條款而有效成立就成為重大疑問。因為從表面證據來看，一個從來就沒有成立的合同應當包括其中的仲裁條款，從整體上說沒有一個主合同，哪里來的其中的仲裁條款?

但是主合同是否存在的問題也是只有通過審理才能弄清的。在有些情況下，合同是真實存在的，只是一方當事人為了自己的利益而主張合同不存在，如果不對這種情況進行審理并查明后裁決，就使得無理的一方很容易地規避仲裁，有理的一方則喪失了通過仲裁維護利益的權利。

針對前述分割說，不同意見認為，仲裁庭、仲裁員依仲裁條款受理案件的過程，在程序上并不是一個分割的過程。所謂分割必須先有確定的整體，然后才可能從整體中分割出部分。但是在主張合同不存在的場合，是否存在整體都成了疑問，分割就無法進行。據此認為，仲裁庭在受理主合同是否存在的爭執時，并不是先看整體的主合同是否完整，然后從中分割出仲裁條款，再確立管轄權的分割過程;而是一個程序繼起的過程，是先審查仲裁條款的效力，決定自己是否具有管轄權，再對主合同的整體存在與否作出分析、判斷，依雙方當事人體現在仲裁條款中的共同意志，對雙方作出有約束力的裁決的整體行為。

3、因欺詐簽訂的主合同無效情況下仲裁條款的獨立性

欺詐、欺詐誘導、脅迫他人簽訂合同的行為，違背簽訂合同必須意思表示真實的原則，違背合同制度的基礎，因而我國《經濟合同法》第七條規定“采取欺詐、脅迫等手段所簽訂的合同”無效。這也是世界各國立法的通例。但是在有關這種合同的仲裁條款是否獨立的問題上，卻遇到較之前面幾種情況更難以解釋的矛盾：仲裁條款與主合同一樣，都以合議作為訂立的基礎，主合同因有欺詐等行為，違背自愿原則，使得一方當事人的意思表示不代表真實意愿，這種不表示真實意愿的主合同中的仲裁條款能表示真實意愿嗎?在其他情況下，可以用主合同雖然無效，但仲裁條款代表著雙方就爭議事項提交仲裁為雙方的真實意愿來解釋它與主合同的區別及獨立存在的基礎，但在主合同系因欺詐所訂的情況下，卻不能保證仲裁條款代表雙方的真實意愿。例如，欺詐方可能以簽訂仲裁條款為手段，引誘對方相信其有能力、有誠意完成某項行為，而簽訂主合同。還有，簽訂仲裁條款是否具有真實意愿是一件不易證明的事情，需從其他證據推知。欺詐行為是一種故意行為，欺詐方如果在簽訂仲裁條款時是以真實的意愿將可能因其欺詐行為出現的糾紛提交仲裁員去仲裁，從而決定其欺詐的責任，這種“誠實”的欺詐行為就不是欺詐了。而且從合意的角度看，欺詐方必須將這種“誠實”的欺詐心理告訴對方，使對方知曉，對方也心甘情愿地接受，才能構成真實的合意。但這樣也不是欺詐了。可見，按照一般的合同、合意的理論，難以解釋這種情況。